微生物是湖泊生态系统的重要组成部分。云南高原湖泊生态系统作为一个独特生境,不同营养型的湖泊中微生物群落结构不尽相同,且微生物群落组成与环境因子之间关系密切。全面系统分析湖泊水体和沉积物微生物群落结构及其与环境因子之间的关系,揭示不同营养型湖泊微生物群落结构的差异,对于维持湖泊生态系统平衡、保护与治理湖泊具有重要意义。本文以云南滇池沉积物为研究对象,运用扩增子测序方法探究了一种适合云南高原湖泊沉积物中基因组DNA的提取方法;以云南高原贫营养湖抚仙湖和富营养化湖星云湖为研究对象,基于高通量测序技术,分析两个营养型不同的湖泊水体及沉积物中微生物群落结构特征的季节性变化规律,以及环境因子与微生物群落的相关性;同时对两个湖泊不同时期蓝藻门物种多样性进行分析。主要研究结果如下:1.通过对11种提取滇池沉积物基因组DNA方法的研究比较,MOBIO DNeasy Power Soil试剂盒提取法得到的DNA状态为透明,易溶;OD260/OD280平均值为1.825;DNA浓度平均值为18.205 ng/μL;DNA纯度高、产量高。在扩增子测序分析中,MOBIO DNeasy Power Soil试剂盒提取法有较高的物种丰富度、均匀度,且物种多样性高,为适合云南高原湖泊沉积物总DNA提取的方法。2.贫营养湖抚仙湖和富营养化湖泊星云湖之间环境因子差异明显,星云湖溶解氧、叶绿素a、化学需氧量、氮、磷含量均高于抚仙湖;各环境因子之间存在一定的联系,温度与溶解氧在丰水期、平水期、枯水期呈反比;沉积物中钾含量与钙、镁含量呈反比。通过RDA分析得知:温度、溶解氧、氮、磷是影响抚仙湖和星云湖不同时期微生物群落结构变化的主要环境因子。其中,T、DO、PO43--P、NH4+-N是影响两个湖泊水中原核和真核微生物群落结构变化的显著环境因子;TP、PO43--P是影响两个湖泊沉积物中原核和真核微生物群落结构变化的显著环境因子。CODMn、TP、p H是影响两个湖泊水中古生菌群落结构变化的显著环境因子,而K、Ca、Na、Mg元素和NO3--N是影响两个湖泊沉积物中古生菌群落结构变化的显著环境因子。3.两个高原湖泊水体和沉积物中微生物群落结构存在明显差异,沉积物中微生物物种数目较水体中多,尤其是原核微生物物种数。两个湖泊丰水期、平水期、枯水期微生物物种的丰富程度不同,物种数目最多的时期,特有的物种数目也较多。两个湖泊不同时期水体与沉积物中微生物群落结构及丰富度和均匀度均存在显著差异,与湖泊的营养型、空间异质性和季节性变化都有一定的关系。两个不同营养型的湖泊抚仙湖和星云湖水体与沉积物中原核微生物、真核微生物、古生菌优势物种有明显的差异:在原核微生物中,两个湖泊沉积物均以变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）占主导地位;星云湖水体以蓝细菌门（Cyanobacteria）、变形菌门为优势物种,而抚仙湖水体以变形菌门、放线菌门（Actinobacteria）、拟杆菌门为优势物种。在真核微生物中,星云湖水体以隐藻目（Cryptomonadales）、褐藻门（Ochrophyta）为优势物种,沉积物以隐藻目、褐藻门、纤毛门（Ciliophora）为各时期优势物种;抚仙湖水体以隐藻目、节肢动物门（Arthropoda）、双鞭毛门（Dinoflagellata）为优势物种,沉积物以环节动物门（Annelida）、隐藻目、腹毛动物门（Gastrotricha）为各时期优势物种。在古生菌中,丰水期星云湖水体与沉积物以甲烷丝菌属（Methanothrix）、抚仙湖水体与沉积物以奇古菌门（Thaumarchaeota）的亚硝化螺菌属（Nitrososphaera）为优势物种;平水期两个湖泊水体与沉积物均以广古菌门（Euryarchaeota）的甲烷八叠球菌属（Methanosarcina）为优势物种。抚仙湖和星云湖不同时期的蓝藻种类多样性有明显差异,抚仙湖蓝藻种类多样性高;而星云湖蓝藻种类较单一。两个湖泊蓝藻门种类多样性较高的属均为聚球藻属（Synechococcus）、细鞘丝藻属（Leptolyngbya）和伪鱼腥藻属（Pseudanabaena）。