我国自然保护区主要分布在经济欠发达地区,人民生活比较贫困。自然保护区的建设,给社会和其他经济活动带来了很大好处,为周边社区保持了一个良好的生态环境。与此同时,保护区也给周边社区产生了负面性的影响,它不但限制了农民的发展途径和资源利用,而且规划征用了农民的生产资料。但是,农民并未因此而获得合理的经济补偿和社会保障,致使农民权益受到了很大影响,从而引发了自然保护区和周边社区之间的矛盾冲突,影响了社会的安定与和谐。本文以集体林为主的浙江省森林生态系统和野生动植物类型自然保护区为典型,在了解国内外研究现状的基础上,以可持续发展理论、制度创新理论、外部性理论为基础,采用定性与定量相结合的分析方法,通过大量的访谈调查和二手资料收集,对农民权益保障问题进行研究。在自然保护区建设过程中,农民权益受到了不同程度的影响,尤其是经济权益遭受了很大损失。通过分析得出,导致农民权益受损的原因主要是六个方面,运用层次分析法对这六个原因进行重要性排序,确定主要原因和次要原因。结合层次分析得出的结果,有针对性地制定合理农民权益保障措施,提高农民的生活水平,最终实现自然保护区生物多样性的有效保护和周边社区社会经济的可持续发展。