青海三江源地区面积广阔，自然资源丰富，生物多样性高。但由于气候变化和人类干扰的影响，近几十年来三江源地区生态系统遭到了一定程度的破坏。建立“三江源自然保护区”是保护三江源地区重要且切实可行的途径。2003年1月24日，三江源自然保护区被国务院正式批准为国家级自然保护区。在我国的保护区研究历史中，以专家讨论和资源普查作为基本和最重要的研究手段。近年来，在全世界范围之内，由于系统规划软件的研发以及其在世界各地，主要是北美、澳洲以及非洲等地的实践，系统规划软件例如Marxan成为了研究保护区的位置选择和保护优先性分析新的科学工具。本文选择三江源地区的保护优先性分析为主要研究内容，考虑绝大部分需要进行保护的自然资源，如动植物分布、生态区功能、水资源、湿地资源等的特点，一般是根据物种和生态系统多样性的特征，运用系统规划专用软件Marxan对三江源地区的物种、植被资源，人类干扰以及综合特征进行评估，评估出在三江源自然保护区内，保护优先地区包括：格尔木地区、当曲地区、果宗木查地区、通天河源地区、扎陵湖.鄂陵湖地区、中铁地区、麦秀地区、玛可河地区、通天河两岸地区、白扎-江西林区地区。西部片区作为冰川、湖泊集中地区需要重点保护，东部片区作为林区和水源地的保护优先性较大。通过本文的研究，对比现有的三江源国家级保护区的核心区、缓冲区和实验区，提出进一步改进和扩大保护区选址的建议。此外本文探讨了针对三江源面积广阔、核心区分散的特点，利用系统规划软件Marxan进行保护优先性分析的参数设定方法，为今后进一步利用该系统规划软件作为保护区设计和建设的工作进行了摸索。值得注意的是系统规划软件只是设计工具，作为实践项目仍需要专家讨论，也会受制于取得的数据精度等。