本文主体部分共七章。第一章论述经之宗旨和结构。笔者认为，本经乃以不思议解脱—成就众生—净佛国土为宗旨。“不思议解脱”、“成就众生”、“净佛国土”名三而实一。前者为宗之体，后二者为宗之用，体用一如；又前者为果，后二者乃行，行果一体无间。本经乃一层层递进、纵横交错之结构。第二章论述“空”观。本经除继承、发展《般若经》“空”观，着重中道空外，尚有二特色：从无住本立一切法与即“恶趣空"而超越之。第三章论述中道观和无分别观。真空假有、双遣空有的“中道”思想，在否定了假名而说一切之同时，当下即朗现一中道实相之境界。菩萨行即体现了中道思想。本经中道思想对龙树之“八不中道”影响很大，而吉藏和智顗皆承龙树之“八不中道”而有创新。“不二法门”充分体现了“无分别”思想。“不二”即无差别。实相之理，妙寂离相，如如平等，无于彼此，故云“不二”。“不二法”即中道实相。“入不二法门”，义有“三阶”。不二即不思议，入不二即不思议解脱。笔者认为，吉藏之四重二谛思想，受本经影响较大，而《坛经》之“三十六对法”，并无明显受本经影响之证据。上两章所论述之“空”观、“中道”观和“无分别”即经之思维方式。此思维方式，一言以蔽之：否定形态之肯定思维。只有坚持否定之肯定思维，才能真正生大悲心，起方便行，成就众生，净佛国土，得不思议解脱。第四章论述经旨“不思议解脱”。不思议之一般含义指，理之深妙或事之希奇，不可以心思之，不可以言议之。本经之不思议，除上述一般涵义外，乃特指解脱而言，不思议即解脱，解脱即不思议，合称不思议解脱。不思议解脱之实质，即成就众生和净佛国土。亦即不断烦恼而入涅槃，行于非道而通达佛道，不尽有为不住无为，即世间而出世间。第五章论述众生成就之可能性和法门——经之如来种观和方便观。所谓“如来种”，乃生起于众生当下之欲望、烦恼，它与真常唯心论所谓之如来藏真心或本净之心之“佛性”不同。故“如来种”说必发展至“一切众生悉有佛性”说。智顗挟《法华经》开权显实、会三归一之思想，会通本经之如来种说和《涅槃经》之佛性论，开出天台之性具善恶说。“方便”为众生成就之法门。“方便”有三义：一曰“方便智”，二曰“方便行”，三曰“方便法”。《维摩诘经》论“方便”多“行”、“智”合一，其前之《般若经》亦然。《般若经》乃至《维摩诘经》之“方便”，多属由菩萨之大悲心而生发之涉有化他之智慧和修行，乃大乘不思议解脱之法门。至《法华经》，则三乘皆变而为权、方便，唯一“成佛乘”为真实。《瑜伽师地论》乃开出向内修证佛法之内六方便，及外成众生之外六方便。而后中国诸师之诠释方便，多循法华之进路加以发挥。第六章论述佛土如何严净——经之净土观和“唯心”观。“心净则佛土净”之“心”，乃发大乘心之后之当下现实之一念心，此心染净并具、真妄合一，而非本净之真心。而所谓“心净则佛土净”，此“心净”非仅指主观一心之净，而亦指众生心之净。慧能“即心即佛”之思想，与《维摩诘经》“心净则佛土净”之理念，大异其趣。慧能完全否定了西方净土之存在，其净土思想全重在个人一心之顿悟，而本经则主张，令自心清净亦令众生心清净方能得佛土清净。包括慧能在内之后世所有“唯心净土”思想，与“心净则佛土净”思想皆迥然不同。“唯心净土”思想重在言性而非言修，而“心净则佛土净”思想重在言修而非言性。然性本因修而说，修须藉性而修，故二者实可贯通。第七章论述本经与居士佛教及佛教世俗化之关系。本经既不为居士佛教，亦不为佛教世俗化提供任何理论基础。所有从中寻找理论根据者，或为顺应时运和众生之机而方便施教；或为他故而六经注我。