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随着人们对优质猪肉要求的提升，猪肉质性状在猪的育种目标中显得日益重要。猪TPM3基因是本实验室应用RT-PCR-DHPLC技术在蓝塘、大白和杜洛克三个猪品种中筛选出的差异表达基因，尤其在背长肌中差异表达明显。TM与TNN作为复合体协同影响ATP体系和肌肉收缩，从而影响肌纤维的长度，进而影响肉质风味。本研究从TM生理生化功能出发，应用侯选基因法对在猪肉质方面存在差异表达的基因——猪TPM3基因进行研究。然后通过比较基因组学、RACE技术、RH定位、．克隆测序、SNP查找等方法研究猪TPM3基因。目的是从mRNA水平提供依据验证该基因是否为肉质性状的侯选基因，为DNA辅助标记选择提供依据。主要研究结果如下：
(1)根据NCBI登录的猪TPMs基因的部分序列，设计基因特异性引物，应用RACE方法，快速获得猪TPMs基因5’、3’末端cDNA序列。拼接获得猪TPMs基因全长1238bp的cDNA序列(登录号：DQ266103)。分析可知：猪TPMs基因mRNA序列包括259bp的5UTR，747bp的ORF(位于260bp～1007bp区域)，232bp的3’UTR。预测该基因编码248个氨基酸(登录号：ABB54390)。
(2)应用生物信息学对猪TPMs基因编码的氨基酸序列进行分析发现：该肽链具有TM家族典型的保守区。不同物种TPMs基因核苷酸同源性比对分析，发现猪与黑猩猩同源性最高，为98．67％。不同物种TPMs基因编码的氨基酸序列同源性比对分析，与人同源性最高，为99．2％。通过疏水性和信号肽预测发现在CDS的131．138氨基酸处有一个疏水区域，第6个氨基酸处有一个最大的疏水性位点，分值为1．278。跨膜区域分析结果显示该肽链没有跨膜区域。应用神经网络算法和隐马氏模型分析该肽链无信号肽，这和该基因具有组织和肌丝特异性表达相符。
(3)以大白猪和蓝塘的cDNA为材料，利用PCR产物直接测序筛选可能与猪肉质性状相关的SNP。在TPMs基因的cDNA序列内共检测到7个SNP，其中在5UTR检测到1个SNP，在ORF检测到6个SNPs：包括3个单碱基转换，2个单碱基颠换，2个单碱基缺失。其中T-440(C-G)、T-452(A-G)、T-565(A-G)、T-650(T-C)、T-658(T-～)处的变异引起氨基酸的改变，且氨基酸性质有很大变化。
(4)利用IMpRH¨8个猪和仓鼠辐射杂种细胞系平板将猪TPMs基因定位在SSC4上，与最近的连锁标记SW512相距53cR，LOD值达到7．48，符合定位标准。有研究表明SW512标记与眼肌面积、背膘厚、骨肉比、日增重等产肉与肉质性状有关。进一步推测猪TPM3基因可能是影响猪产肉与肉质性状的侯选基因。