基于宏基因组筛选高温大曲纤维素酶的基因及细菌菌群结构多样性分析

来源 :福建师范大学 | 被引量 : 6次 | 上传用户:wangcongyu003
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高温大曲是采用富含蛋白质的谷物作为主要原料,以开放性培养的制曲工艺,在60~65℃的制曲温度下产生了多种嗜热性芽孢杆菌及热稳定性良好的蛋白酶、脂肪酶、淀粉酶、纤维素酶等酶类,并且产生高温大曲中独特的微生物群落。本论文第1部分:以福矛高温大曲为材料,基于宏基因组学方法筛选纤维素酶基因。首先提取高温大曲的宏基因组总DNA,以Fosmid为载体,构建了一个包含10000个克隆子的高温大曲宏基因组文库,从中筛选得到2株产纤维素酶的阳性克隆子,复筛确定纤维素酶酶活最高的一株阳性克隆子,命名为G1并进行酶学性质初步分析。提取G1的质粒酶切后与pUC18-T载体连接,构建亚克隆文库,通过进一步筛选,将产纤维素酶基因片段缩小至1169bp左右。将该基因片段进行全测序,分析表明该基因片段的核酸序列与地衣芽孢杆菌(GenBank登录号CP000002.3)核酸序列具有100%的相似性;该核酸序列包含一个由147个核苷酸组成的开放阅读框(ORF),根据糖基水解酶命名法则,将该基因命名为umcellH。用SMART软件分析表明umcellH前体的N端的第1-22个氨基酸是可能的信号肽;用DNAMAN软件分析表明,umcellH编码的蛋白质预计分子量大小为5243.4Da,等电点为11.3。本论文第2部分:运用核糖体扩增片段限制性内切酶分析(Amplifed Ribosomal DNA Restriction Analysis, ARDRA)技术及单链构象多态性分析(Single-Strand Conformation Polymor-phism, SSCP)技术对大曲的细菌菌群结构进行分析。以ARDRA技术分析高温大曲的细菌菌群,建立了培养法和非培养法文库,培养法文库中90个克隆子得到23种OTUs,非培养法文库中96个克隆子得到34种OTUs。在文库的标准多样性指数方面,非培养法文库的香侬-威纳指数(Shannon-Weiner index)、辛普森指数(Simpson index)、丰富度指数(Margalefs richness index)分别为3.11、0.077、7.23,均高于培养法文库中对应的多样性指数(分别为3.02、0.062、4.89);两种文库均一度指数(Evenness index)均为0.88,说明具有良好的多样性。两种文库的各指数分析说明,非培养法在揭示大曲微生物多样性时要优于培养法。运用PCR-SSCP技术研究高温大曲表层、侧面、中心三个不同部位的微生物群落结构,通过提取不同部位的总DNA,分别扩增其16SrDNA的V4-V5区域,将扩增产物进行酶切、变性,得到的单链DNA在非变性聚丙烯酰胺凝胶中电泳,结果显示高温大曲中心处的微生物最丰富。
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