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蚯蚓纤溶酶(Earthwormfibrinolyticenzyme，EFE)是一组具有很强纤溶活力的丝氨酸蛋白酶，其作为口服制剂运用于血栓病预防与治疗已有十多年。但是，蚯蚓纤溶酶到底有多少种组分，哪种蚯蚓纤溶酶组分在人体内发挥溶栓作用，溶栓机制以及口服有效的作用机理等还不清楚。本课题研究的目的是通过对蚯蚓纤溶酶各组分进行晶体结构分析，从结构上去认识了解其发挥纤溶功效的机理，并希望三维结构的解析可为该纤溶药物的分子改造提供重要的结构依据和设计思路。到目前为止，除了本实验室测定的蚯蚓纤溶酶组分A(EFE-a)和组分B(EFE-b)晶体结构外，尚无其它组分的结构报道。
蚯蚓纤溶酶组分A(EFE-a)具有典型弹性蛋白酶S1口袋，却可以水解多种底物，表现出广泛的底物专一性。纤维蛋白平板试验认为EFE-a具有双重纤溶活性，即：直接水解纤维蛋白的溶纤活性和激活纤溶酶原为纤溶酶的间接纤溶活性。前期的结构测定工作认为EFE-a在Val217后四个残基的插入赋予其双重纤溶活性。我们在原2.3(A)的EFE-a晶体结构基础上将分辨率提高至1.8A，并对结构进行了精化；同时在1.90(A)分辨率测定了EFE-a与抑制剂Meo-Suc-Ala-Ala-Pro-Val-CMK复合物的晶体结构。结果表明：(1)酶分子与底物结合存在多个相互作用位点；(2)其与底物N-端结合的两段loop发生了显著的构像调整，加强与底物的相互作用。这使得EFE-a的底物专一性对S1口袋专一性的依赖大为降低，赋予该酶水解胰凝乳蛋白酶甚至胰蛋白酶专一性底物的能力。EFE-a对广泛底物的水解能力暗示其具备激活纤溶酶原的潜能，可能是蚯蚓纤溶酶发挥纤溶作用的有效组分之一。
从蚯蚓纤溶酶粗品(来自Eiseniafetida)中系统地分离、纯化出七种纤溶活性组分(EFE-a、EFE-b、EFE-c、EFE-d、EFE-e、EFE-f、EFE-g)，并对其进行了一系列的鉴定。这些酶在纤维蛋白平板上表现出不同的纤溶活力。N端序列的比较表明它们与来自Lumbricusrubellus的蚯蚓纤溶酶具有很高的相似性。所有纯化组分都进行了结晶实验并获得了晶体，其中组分F已经获得1.5(A)高分辨率母体数据。
高等植物光合膜蛋白复合物在植物捕光、能量传递与转化以及植物在高光条件下的光保护过程中发挥着重要的作用。了解这些蛋白复合物的三维结构将有助于我们从分子层面去认识光合作用机理。
从菠菜叶片、拟兰芥叶片中分离纯化相关膜蛋白复合物，并尝试其三维晶体的生长。其中菠菜LHC-Ⅱ样品已经获得晶体，野生型拟兰芥的LHC-Ⅱ也已获得微晶。