单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNPs)是人类基因序列中最常见的变异,对其研究有助于解释个体的表型差异、不同群体和个体对复杂疾病的易感性、以及对各种药物的耐受性和对环境因子的反应。因此,建立一种快速、准确、高通量且适用于临床的SNP分型方法非常重要。目前已报道的众多SNP分型方法中,绝大多数需要对包含有SNP位点的PCR产物进行纯化、浓缩,这是一个即费时又费力的工作,而且很难满足未来对分型自动化的要求。随着纳米技术的迅速发展,纳米材料逐渐被应用到生命科学领域,为其研究和发展提供了新的技术和手段。磁性纳米粒子(Magnetic Nanoparticles,MNPs)作为纳米材料的一个重要组成部分,由于其特殊的物理化学性质和生物相容性,目前已被广泛应用于细胞的分离、免疫测定、蛋白质和酶的固定以及DNA的检测等。本文将磁性纳米粒子的富集功能和生物芯片“并行”读出的高通量特性结合起来,首先发展了一种基于磁性纳米粒子PCR扩增和等位基因特异性双色荧光杂交的分型方法,用以检测亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)基因的677位点(C→T)的单核苷酸多态性,应用该方法对126个样本MTHFR基因的C677T多态进行检测。实验表明,当下游引物连接在磁性纳米粒子表面时,能与反应体系中的模板DNA以及上游引物通过PCR扩增出所需的目的片段。当杂交温度在38℃时,所使用的荧光探针能够精确的区分样品的SNP基因型,分型结果经测序得到验证。为了进一步降低分型成本,在基于本文提出的MNPs-PCR分型方法的基础上,通过使用两条带有野生、突变通用标签(tag)的探针和双色荧光(Cy3、Cy5)标记的通用检测子,进一步降低了样本的分型成本。本文中对96个样本的MTHFR基因C677T位点以及AGT基因的M235T位点用这种新型方法进行了高通量分型检测。上述基于磁性纳米粒子PCR的两种SNP分型方法不仅省略了传统方法中纯化、浓缩PCR产物的繁琐步骤,而且获得了很好的分型结果。接着验证了该方法在自动化工作站中自动检测的准确性,我们将96个样本的AGT基因M235T位点进行自动化检测,整个实验操作过程在96孔PCR板中自动完成,利用通用标签技术,把最终变性下来的荧光标记的通用检测子点在玻片上构成检测芯片,经扫描,能够在几分钟内完成对大量样品的分型,且分型结果直观、准确,正错配信号比值高,是一种操作简单、快速、高通量、高灵敏度的分型方法,有较高的应用价值。