背景丙型肝炎病毒（Hepatitis C virus,HCV）是丙型肝炎的病原体。HCV感染可导致慢性丙型肝炎、肝硬化、肝细胞癌等肝脏疾病,对患者的生命健康危害极大。NS5B聚合酶是HCV复制过程中的关键酶,且人体内缺乏同源酶,因此它可以作为抗HCV的重要靶点。研究发现苯并呋喃核类抑制剂对多种基因型的NS5B聚合酶具有抑制作用,但其作用模式尚不清楚。因此,开展基于苯并呋喃核NS5B聚合酶抑制剂的泛基因型作用模式的研究对抗HCV新型泛基因活性抑制剂的研发具有重大意义。目的1.构建苯并呋喃核NS5B聚合酶抑制剂与不同基因型NS5B聚合酶（GT1a、GT1b、GT2a和GT2b）的复合物结构。2.探索苯并呋喃核NS5B聚合酶抑制剂与NS5B聚合酶的结合模式,分析抑制剂和NS5B聚合酶的详细作用情况。3.研究苯并呋喃核NS5B聚合酶抑制剂具有泛基因型抑制活性的原因。方法1.对从RCSB PDB蛋白数据库得到的四种基因型HCV NS5B聚合酶的晶体结构进行优化,构建小分子抑制剂的3D立体结构并对其进行优化处理。2.采用半柔性对接方法构建抑制剂与NS5B聚合酶复合物的初始结构。3.对构建的体系分别进行100 ns的分子动力学模拟并详细分析结合模式。4.用MM/GBSA方法计算各个体系稳态的结合自由能以及结合能分解分析。结果1.构建了5个苯并呋喃核NS5B聚合酶抑制剂分别与4种基因型NS5B聚合酶（GT1a、GT1b、GT2a和GT2b）对接的20个复合物结构。2.分子动力学模拟结果显示各个体系在60 ns后都达到了稳态。3.结合自由能计算结果验证了5个抑制剂对4种基因型的NS5B聚合酶都具有不同程度的抑制作用。4.结合模式分析表明,与4种基因型的NS5B聚合酶结合后5种抑制剂的2-苯基苯并呋喃母核均处于NS5B聚合酶的Palm II区,且其5位环状侧链均可延伸至Palm I区。此外,抑制剂2-苯基苯并呋喃母核3位的甲基酰胺基团与NS5B聚合酶形成氢键,这对抑制剂与NS5B聚合酶的结合至关重要。有趣的是,我们的研究表明2-苯基苯并呋喃母核5位具有长链基团的抑制剂与不同基因型NS5B聚合酶的结合模式有两种特征类型:与NS5BGT1a和NS5BGT2b聚合酶结合后5位长链基团朝向一边,而与NS5BGT1b和NS5BGT2a聚合酶结合后5位长链基团朝向另一边。结论通过对5种苯并呋喃核泛基因型抑制剂与4种不同基因型的HCV NS5B聚合酶（GT1a、GT1b、GT2a和GT2b）作用模式的分子模拟研究表明,这些抑制剂的2-苯基苯并呋喃母核的3位甲基酰胺基团可以和NS5B聚合酶的残基形成氢键,且5位具有长链基团的抑制剂与不同基因型NS5B聚合酶的结合模式有两种特征类型。相关研究结果可为基于苯并呋喃核的新型抗HCV泛基因活性抑制剂的进一步研发提供极具价值的信息。