揭示基因组DNA甲基化模式的形成、维持及其变化因素,不仅是表观遗传学和发育调控的核心问题,也是当前植物进化研究的热点问题。野生稻Oryzanivara和Oryza rufipogon普遍被认为是栽培稻(Orrza sativa)的野生祖先,含有与栽培稻近缘的A基因组。本研究以栽培稻的这两个近缘种为对象,采用修改的MSAP(methylation-sensitive amplified fragment length polymorphism)方法,研究了野生稻居群甲基化模式。结果如下:　　 1.对O.nivara和O.rufipogon各5个居群,共10个居群,以MSAP方法获得并分析了390条DNA片段,发现O.nivara和O.rufipogon居群内基因组甲基化模式高度一致,居群间则有变化,包括保守的和多态的两种甲基化位点,其甲基化模式与栽培稻具有相似性。　　 2.对O.nivara,O.rufipogon不同居群以MSAP方法得到的DNA片段中,将其中18条表现甲基化变化的片段进行回收,并进行了克隆、测序和序列分析,发现其中有6条是编码基因,与粳稻O.sativa subsp.japonica和籼稻O.sativa subsp.Indica两个亚种基因编码区进行同源比对分析,发现这些序列共分两类:a)居群间一致的甲基化位点,其编码区序列甚为保守,对GenBank数据库的稻属同源序列分析表明,其序列变异几乎全是同义代换;b)居群间多态性甲基化位点,其编码区序列具多态性,氨基酸序列亦呈多态性,Ka/Ks等于1或大于1。　　 3.对O.nivara和O.rufipogon居群间的基因组甲基化带谱的相似性分析,表明O.nivara居群间的甲基化相似性系数平均值(average DICE coefficient)低于O.rufipogon,且两个种内群体间DNA甲基化相似性系数矩阵进行差异比较表明,二者的差异呈显著性(p=0.024,dr=99)。O.nivara的居群基因组甲基化分化程度高于O.rufipogon,推测与前者的自花传粉、后者系异花传粉习性有关。　　 此外,本文还研究了非洲紫罗兰Saintpaulia ionantha花发育中决定对称性基因的甲基化问题,研究了cyc-like基因编码区序列在两侧对称和辐射对称植株中的甲基化差异,结果发现二者在甲基化上没有差异,与经典材料柳穿鱼Linariavulgaris表观等位基因Lcyc的甲基化模式,是不同的花对称性基因调控模式。