我国是一个以农业为主的大国，农业发展在国民经济发展过程中具有举足轻重的地位，与农业息息相关的农产品物流也越来越受到重视。物流现在已被认为是除了降低物质资源消耗和提高劳动生产率以外的“第三利润源”，因此要大力发展现代农产品物流，建立现代农产品物流体系，从而更好的促进现代农产品物流的发展，有效解决传统农产品流通过程中地区封锁与货畅其流之间的矛盾，以及农产品区域结构与全国消费之间的矛盾。发展现代农产品物流，有助于提高农产品的市场竞争力，提高农产品的附加价值，从而提高农民的收入水平，改善农村现状，从根本上解决“三农”问题。新疆是以农业为主的资源省区，农业在新疆国民经济中占有极其重要的地位。农产品种类丰富，畅销国内外。农产品物流问题作为社会经济发展中的一个重要问题，已列入新疆十二五规划中。北疆地区工业和物流业发展远超于南疆地区，北疆农业发展也超于南疆地区，北疆地区物流发展水平基本能反映整个新疆物流发展平均水平。近年来北疆地区农产品不断的增长，但是横亘在农产品产地与销地之间的农产品物流体系发展中却存在着很多的问题，严重的影响了北疆农产品的“货畅其流”和“物尽其值”。为了提升北疆农产品物流体系的效率和效益，本文对北疆农产品物流体系进行分析，并且对新疆北疆特色农产品棉花供应链的物流体系进行详细剖析，并以棉花供应链物流体系为例进行物流体系的优化。本文借鉴农产品物流领域的相关研究成果，结合物流、供应链的前沿理论，对北疆地区农产品供应链物流体系进行分析和评价。研究结论如下：1、运用DEA分析法对北疆8个地区2006年～2012年的物流效率进行分析。分析结果表明，北疆地区物流业运行效率整体水平不高，区域间发展不平衡，物流效率水平差异较大。北疆8个地区中，2个地区的物流效率相对有效，6个地区物流效率相对无效，并且物流效率相对无效的6个地区差距比较大。表现出对物流业投入的资源没有实现合理利用，资源的投入没有转化为有效的产出。公共环境和社会保障投资和物流业产值是对北疆地区物流业发展中投入、产出效率影响较大的因素。2、通过构建农产品物流发展水平评价指标体系，分别运用因子分析法和TOPSIS分析法对2012年新疆北疆8个地区的农产品物流发展水平进行测度，然后通过加权处理将两种评价结果结合，最终得出北疆8个地区的农产品物流发展水平。经济水平差异是影响农产品物流发展水平的主要因素，经济水平较为发达的地区，基础设施建设良好，物流企业发展较为规范，物流设备较为齐全，加上便利的交通要道，为农产品物流的发展提供了良好的环境，因此这些区域的农产品物流发展水平较好。而经济发展较为落后的地区，政府对于农产品物流发展的投入较少，从而区域农产品物流的发展水平较低。3、纵向来看，当前北疆农产品物流已取得了一定发展，但与工业品物流比较，由于其起步较晚，在发展过程中存在一系列问题，如专业从事农产品物流的企业较少，第三方物流发展滞后；农产品物流体系功能不完善，物流基础设施及技术落后；物流企业管理方式落后，没有形成稳定的供应链联盟；农产品物流信息化水平低，标准化体系不健全。同时北疆地区还存在许多影响农产品物流体系发展的制约因素：物流观念和政策法规、供应链构建、基础设施建设及信息平台搭建以及人才因素等方面存在着制约。4、在对北疆农产品物流分析的基础上，本文构建了北疆农产品供应链物流体系的优化思路。从农产品供应链物流体系主体优化（农业专业合作组织）、农产品供应链物流体系功能优化（物流运输优化）和农产品供应链物流体系平台优化（物流中心和物流信息平台）三个方面对北疆农产品供应链物流体系进行优化。最后以棉花供应链为例，对棉花物流体系进行优化。5、基于供应链的新疆北疆农产品物流体系优化对策建议。通过前文的研究，显示出北疆供应链物流体系存在许多亟待解决的问题，以及有很大的发展空间。培育农产品物流主体，引导农产品流通方式创新；加快技术创新步伐，建设农产品物流标准化体系；优化投资结构，加大对农产品物流基础设施建设；加快物流人才的培养，完善现代物流人才的运用机制；发挥政府的宏观调控和服务职能，健全法律法规，从而改变北疆地区农产品物流发展的不利局面，最终推动北疆地区农产品物流体系日后的发展。