凝血因子Xa(coagulation factor Xa)是参与血液凝固过程的关键蛋白组分,也是抗血栓药物的重要靶点。近年来水分子在生物大分子中的重要性越来越受到人们的重视,已有研究表明在模拟过程中将水分子作为蛋白结构的一部分对研究蛋白质的结构和功能具有十分重要的意义。我们采用分子动力学(Molecular Dynamics,MD)模拟方法研究了水分子对凝血因子Xa蛋白-配体复合物的结构和结合自由能的影响。通过对比分析包含水分子和不包含水分子的FXa复合物的结构,发现水分子能够与FXa复合物中的氨基酸残基和配体形成复杂的氢键网络,这些氢键相互作用是影响FXa复合物结构稳定性的重要因素。使用MM-GB/SA方法分别计算了包含水分子和不包含水分子的凝血因子Xa蛋白-配体的结合自由能,并将结合自由能的预测值与实验值进行了对比。结果表明,与不含水分子的FXa复合物相比,包含水分子的FXa复合物的结合自由能预测值与实验值的相关性有明显地提高。上述研究结果表明,在模拟凝血因子Xa时应充分考虑水分子对其结构和功能的影响。