论文部分内容阅读
本论文以四川山地乌骨鸡和大恒优质肉鸡为研究对象,采用RT-PCR的方法扩增FATP4基因并对其cDNA序列和蛋白质结构进行了生物信息学的分析;运用实时荧光定量RT-PCR技术,以β-actin为内参基因,研究了四川山地乌骨鸡FATP4基因的发育性表达规律,比较了两个不同品种FATP4基因组织的表达差异。结果表明:四川山地乌骨鸡FATP4基因CDS区长1107bp,共编码368个氨基酸,山地乌骨鸡的核酸序列与原鸡、家鼠、人、褐鼠和猩猩的同源性为67.1%,99.6%,67.2%,67.4%,66.6%和67.3%;而氨基酸序列相比分别为100%,72.8%,76.4%,75.8%和72.8%。可以看出,山地乌骨鸡的核酸序列和氨基酸序列与其它物种的同源性较高,说明已成功获得了山地乌骨鸡的FATP4序列。经生物信息学分析,鸡FATP4是有1个很有可能的跨膜区,分别位于17-33位的跨膜蛋白,相对分子量为41.47kDa,其理论等电点pI=7.46。在糖基化位点预测的同时未发现信号肽特征,极可能不具有信号肽结构,鸡FATP4分子氨基酸序列的存在信号锚序列的概率为0.00%,存在信号肽序列的可能性为0.00%。该蛋白质多肽链有个主要的疏水区,分别位于氨基酸序列的9-37,51-66,98-115,128-145和250-278。该蛋白质的二级结构含有α螺旋(α-helix,h)34.78%,延伸主链(extendedstrand)16.03%,随机卷曲(random coil)49.18%。对四川山地乌骨鸡FATP4 mRNA组织表达差异的研究显示:8w、10w和12wFATP4分别在皮脂、肝脏和脑组织中表达量较高。FATP4:表达量在胸肌,腿肌,皮脂和腹脂中最高值分别在8w,8w,4w和12w。FATP4:表达量在肝脏,心脏和脑中最高值分别8w,6w和8w。肝脏为FATP4基因的优势表达组织。本研究发现FATP4基因的表达量随时间的变化是不同的。其腿肌,胸肌,肝脏和脑中的表达量在8w达到最高;皮脂和腹脂中的表达量分别在4w和12w达到最高。FATP4基因在腿肌、胸肌、肝脏和脑中的优势表达时间点是8w;在皮脂、腹脂和心脏中的优势表达时间点分别是4w、12w和6w。鸡腹脂的沉积一般随着生长而增加,但本研究发现FATP4基因在腹脂中的表达趋势都是增加-减少-增加的趋势。本研究发现FATP4在山地乌骨鸡和S01系中的表达差异虽不显著,但山地乌骨鸡中的表达量却高于S01。