重组酶介导的扩增技术检测前列腺癌相关SNP位点方法的建立和初步评价

来源 :河北医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:hnjylwn
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第一部分重组酶介导的扩增技术检测两个SNP位点方法的建立目的:建立一种快速、高效且经济的方法对位于8q24上两个SNP位点(rs6983267和rs1447295)进行准确分型。方法:运用重组酶介导的扩增(Recombinase aided amplification,RAA)技术建立一种基于两重探针指导的重组酶扩增(duplex probe-directed recombinase amplification,duplex-PDRA)同时检测两个SNP的检测方法,并遵循两重PDRA的原理及引物探针的设计原则,进行两个SNP位点对应的引物和探针的设计,通过构建的重组质粒来评价方法的灵敏度与特异性,并对于2018年11月至2019年11月,在河北医科大学第四医院检验科收集的前列腺癌病人抗凝全血标本或血凝块标本共179份进行检测分型,同时用测序法验证,以评价方法对临床样本检测的稳定性。结果:本研究所建立的两重PDRA方法可在30 min内39℃条件下识别两个SNP位点(rs6983267和rs1447295)的四个不同等位基因,其灵敏度可达到10~3~10~4拷贝/μL,特异性好,无交叉反应,并且临床检测稳定性好,可对179份抗凝全血标本或血凝块标本的SNP位点准确分型,其分型结果与测序法完全相符。结论:本研究建立的两重PDRA方法既简便快捷,又经济高效,为SNP的大批量检测提供了一种可行的策略,并展示出在广泛运用于实验研究和临床检测中较大的潜在优势。第二部分8q24上两个SNP位点与前列腺癌相关性的研究目的:探讨位于8q24上的两个SNP位点(rs6983267和rs1447295)与前列腺癌易感性的关系。方法:收集于2018年11月至2019年11月在河北医科大学第四医院就诊的179名前列腺癌患者作为病例组,179名同一年龄段内的当地健康体检男性人群作为对照组。采用两重探针指导的重组酶扩增方法检测两组人群的rs6983267和rs1447295两个SNP位点的基因型并分析其分布,采用SPSS21.0软件的卡方检验来分析上述两个SNP位点与前列腺癌发病风险之间的关系。结果:rs1447295位点在基因型方面,与主要等位基因纯合基因型CC型比较,CA基因型携带者患前列腺癌的风险增加1.97倍(OR=1.97,95%CI1.24~3.15,P<0.05),CA+AA基因型携带者患前列腺癌的风险增加2.05倍(OR=2.05,95%CI 1.31~3.22,P<0.05),在等位基因型方面,A等位基因携带者患前列腺癌的风险是C等位基因携带者的1.87倍(OR=1.87,95%CI 1.27~2.77,P=0.001);rs6983267位点在基因型方面,与主要等位基因纯合基因型TT型比较,GG基因型携带者患前列腺癌的风险增加2.43倍(OR=2.43,95%CI 1.29~4.58,P<0.05),GT+GG基因型携带者患前列腺癌的风险增加1.63倍(OR=1.63,95%CI 1.02~2.63,P<0.05),在等位基因型方面,G等位基因携带者患前列腺癌的风险是T等位基因携带者的1.48倍(OR=1.48,95%CI 1.10~1.99,P<0.05)。结论:位于8q24上的两个SNP位点(rs1447295和rs6983267)可能与前列腺癌的易感性有关,rs1447295位点的A等位基因与rs6983267位点的G等位基因可能是前列腺癌发生的风险等位基因。
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