存疑不起诉作为我国检察机关行使不起诉权的一种形式,具有原则上终止诉讼程序的效力,能够保障当事人的合法权利并提高司法效率。但由于制度设计不完善、司法实践中运行不畅,存疑不起诉作为刑事诉讼制度不可或缺的组成部分无法发挥应有作用。为解决存疑不起诉制度中存在的问题、规范不起诉权运行、保障当事人合法权益,本文拟从以下部分对完善存疑不起诉制度进行探讨。第一部分对存疑不起诉制度的理论基础进行了论述,详细地阐述了“无罪推定原则、证据裁判原则、诉讼经济原则”作为该制度理论基础的具体理由与表现。强调了存疑不起诉的关键在于证据的不足,它是检察机关在审查起诉阶段行使不起诉权时贯彻疑罪从无原则的表现。存疑不起诉具有准司法性质,既是程序上的处断,又具有实体处分的效力。深厚的理论基础和现实需要,正是该制度发生、发展所必备的条件。第二部分介绍了德国、法国、英国、美国等两大法系代表性国家关于存疑不起诉制度的立法和实践。同时对公诉的证据标准、不起诉的监督制约、因证据不足而撤诉等内容与我国相关规定作了比较分析,为完善我国存疑不起诉制度提供了有益经验。第三部分指出了我国存疑不起诉制度在理论和实践中所存在的问题,突出地表现为:存疑不起诉决定作出过程中缺乏当事人程序参与;因为程序设计不当致使存疑不起诉决定的法律效力受到削弱,尤其是转诉制度的制约和复议、复核权的影响;重新起诉程序规定不完善、重新起诉的随意性强。第四部分是针对前文所列制度中存在问题提出的具体解决方案。该部分指出:建立存疑不起诉的公开审查制度,可以有效地保障当事人的程序参与权,人民监督员加入其中,就可以在不起诉决定过程中实现对不起诉权的监督与制约。为更好地发挥存疑不起诉的法律效力,建议改革不起诉监督体系,取消公安机关的复议、复核权、转诉制度,规范撤诉后的决定作出程序。同时,为防止不起诉权的滥用,对存疑不起诉后重新起诉的制约与完善提出了自己的观点。在本部分最后,还对被害人的国家补偿作了探讨,以期更好地保障刑事被害人的权益。