随着我国工业化进程不断推进,社会保险法律法规不断完善,加大了对弱势劳动者的保护。但是在社会主义市场经济活动中,处于弱势地位的劳动者,其维权之路依然十分艰难,尤其是在工伤保险领域。由于历史和现实的原因,我国工伤认定法律制度还存在很多不足,并且随着社会的发展问题越来越凸出,日益成为人们关注的焦点。在我国工伤认定法律制度不完善的情况下,对存在劳动关系争议的工伤认定问题的处理,极易导致劳动者或其近亲属不能得到及时的救助而遭受二次伤害。工伤认定的复杂性集中体现在这一类型的案件中,同样这一类型的案件也集中反映了我国工伤认定法律制度存在的问题。本文分析了一个典型的背景案例,并根据案件中的焦点问题提出我国工伤认定过程中一直存在的三大难题,即工伤纠纷中劳动关系的认定问题;一直备受争议的“48小时”条款的适用问题;工伤认定程序的协调问题。本文通过对比分析劳动关系和其它相关概念,并结合案例探讨了在实践中要从实质要件出发合理认定劳动关系。关于工伤认定“48小时”条款的适用问题,本文从多角度进行了分析,发现主要原因在于,该条款立法技术粗糙导致人们对该条款的属性认识不一,加上我国工伤认定的基本原则不完善,而且缺乏宽严相济的指导理念,使得该条款在适用中过于僵硬而备受争议。在工伤认定程序方面存在的问题,主要表现为工伤纠纷中劳动关系认定程序与工伤认定程序的不协调,导致工伤认定机构权利架空及工伤认定的循环往复,结合学者们对工伤认定程序重置的构想,提出进一步完善工伤认定程序的建议,以期能够在实体上和程序上及时有效保障劳动者合法权益。