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当前,检测基因SNP已成为分析判断遗传病、个体化药物反应特征的重要手段,也是预测和预防许多疾病的重要手段。现今的单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism, SNP）检测方法,比如测序法和Taq探针法都存在一定的弊端。因此我们开发了一种高效的基于荧光淬灭的SNP检测方法——Quenching-PCR法。该方法是利用标记有荧光淬灭分子的特异序列探针与有荧光分子标记的双脱氧核苷三磷酸在待测基因的特异位点上进行单碱基延伸,然后通过检测在探针末端延伸的荧光分子标记的碱基的荧光淬灭值,来确定探针末端延伸的碱基类型,亦即待测基因特异位点的碱基类型。与金标准测序法相比,Quenching-PCR法结果的一致率为93.40%,TaqMan探针法结果的一致率为92.45%,由此可见,Quenching-PCR法与TaqMan探针法在准确度方面无明显差异。但在检测成本、检测时间和探针设计等方面都远优于TaqMan探针法,因此Quenching-PCR法更易于在临床诊断中应用,具有重要意义。在建立的基于荧光淬灭的SNP检测方法的基础上,我们将该方法用于临床相关肿瘤个体化用药常规位点的检测。选取与酪氨酸激酶抑制剂作用靶点——表皮生长因子受体基因（epidermal growth factor receptor, EGFR）相关位点的检测, EGFR第19号外显子中的22352249位的插入缺失和第21号外显子的L858R与药物效应密切相关；同时还用于与铂类药物使用相关的多药耐药相关蛋白2基因（Multidrug resistance-associated protein 2, MRP2） Val417Ile位点、核苷酸切除修复交叉互补基团1（Excision repair cross-complementation group 1, ERCC1）rs3212986位点和X线修复交叉互补基团1基因（X-rayrepaircrosscomplementing 1, XRCC1） Arg 194T rp位点的检测。结果发现Quenching PCR能很好用于肿瘤个体化用药相关位点SNP的检测,同时还发现该方法不但能用于SNP的检测,还能应用于插入／缺失（Insert/Delete, InDel）的检测。肿瘤异质性与肿瘤转移密切相关,近年来成为肿瘤研究的热点。结肠癌是世界三大恶性肿瘤之一,是一种高度异质性的肿瘤,形态学、免疫表型、分子遗传学上的差异导致了结肠癌对临床治疗的不同反应及预后。肿瘤个体之间存在异质性,在同一个体不同肿瘤区域以及转移灶的相关基因组也存在一定差异。本课题将通过对不同结肠癌病人原位肿瘤组织、癌旁组织以及转移灶进行全基因组SNP检测,并通过生物信息学解析明确和发现个体癌细胞异质性程度是否与病程和转移具有相关性。同时,利用建立的基于荧光淬灭的SNP检测方法对相关提示与结肠癌异质性与肿瘤转移相关SNP进行验证。结果发现结肠癌的转移灶的的拷贝数变异（Copy number variation, CNV）率显著高于癌旁组织与原发灶（p<0.01）。同时通过GO分析发现差异CNVs涉及的相关通路约有四分之一与粘附和免疫相关。而将肿瘤的转移灶与原发灶发生基因编码区域SNP改变所涉及的基因进行GO分析,所涉及的基因二分之一与转移和免疫相关,且涉及粘附和免疫调节的相关通路也占到了约五分之一。同样将肿瘤的转移灶与原发灶的差异miRNAs涉及的靶基因进行GO分析,发现涉及的基因约三分之一与转移和免疫相关,涉及粘附和免疫调节的相关通路也占到了约五分之一。上述结果提示粘附与免疫调节可能是调控肿瘤发生与发展的关键因素。通过芯片上转移灶与原发灶的SNP比较分析,并通过Quenching PCR扩大验证,发现位于第14号染色体上的rs12881063位点在原发灶和癌旁组织中几乎没有产生突变,而在转移灶中则出现比例较高的突变,在近端转移中,突变率达到了66.7%,而在远端转移中,突变率达到了83.3%。上述结果提示该位点的突变与可能与肿瘤的转移的能力相关在所有样本的转移灶中都产生了突变,这可能为临床肿瘤分期诊断的潜在标志物,并提供一定的依据。