根据《中共中央、国务院关于卫生改革与发展的决定》，2002年南海区开展了疾病预防控制体制和卫生监督体制改革，撤销南海区卫生防疫站和南海区慢性病防治站，成立南海区疾病预防控制中心和南海区卫生监督所。新成立的南海区疾病预防控制中心正寻找自身的发展方向以及如何建设，以适应南海区社会和经济发展的需要。在此背景下，本文对南海区疾病预防控制体系（以下简称疾控体系）的建设与发展战略进行了研究。　　本文分析发现，改革后新成立的南海疾控体系的建设和发展面临以下问题:(1)疾控体制改革未完全到位，未能形成一个完整的疾控体系;(2)疾控体系的使命和愿景不清晰;(3)疾控体系发展的各层次战略不明确;(4)疾控体系内各成员的战略功能和协同关系不明确;(5)缺乏具体的战略实施途径、步骤和措施。针对这些问题，本文运用战略管理的理论和方法，分析了南海疾控体系所面临的机遇、威胁以及自身的优势和劣势。运用战略分析工具提出了疾控体系总体规模化发展战略、成员层（业务层）的优质低成本与协同发展战略和职能层战略，建立区、镇两级疾控机构人、财、物、事垂直管理体制，构建疾控体系运营的管理体系，并提出了具体的实施措施和途径。　　本研究的成果对卫生体制改革后的疾控体系的建设和发展具有指导作用，为其他社会和经济发展相类似地区的疾控体系的建设和发展提供参考;同时，也希望对推动我国基层公共卫生体系的建设和发展产生积极的作用。