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Myroides sp.菌,原名芳香黄杆菌(Flavobacterium odoratum),是非发酵性、专性需氧型、革兰氏阴性不动杆菌,在代谢过程中能产生具有水果香味的黄色物质。Myroides sp.能感染免疫力低下的人群,造成各种院内感染甚至爆发感染,如:泌尿系统感染、蜂窝组织炎、菌血症、恶性肿瘤、坏死性筋膜炎、败血症、心室炎和糖尿病并发症等。Myroides sp.感染难治愈,因为Myroides sp.菌耐药性广泛,且抗生素耐药机制尚不清楚。本论文对一株临床分离的多耐药Myroides odoratimimus(M.odoratimimus)菌PR63039,采用PacBio RSII测序系统,对其进行全基因组测序和生物信息学分析,试图在基因组水平阐明M.odoratimimus PR63039的抗生素耐药和致病机制、并比较临床M.odoratimimus分离菌株基因组之间的异同。M.odoratimimus PR63039基因组由染色体(4,366,950 bp)和质粒(90,798bp)组成。使用CG viewer,我们获得PR63039的基因组圈图。PR63039基因组含有大量的耐药基因,包括:β-内酰胺耐药基因、四环素耐药基因、氯霉素耐药基因、喹诺酮耐药基因、多耐药质子泵基因、耐药突变基因Staphylococcus aureus rpoB和Pseudomonas aeruginosa gyrA。该菌耐药基因的分布是独特的,我们发现了一个耐药区域,并将其命名为MY63039-RR。通过分析可知,菌株PR63039抗生素耐药基因与药敏试验(AST)中的耐药谱表型基本一致。对M.odoratimimus PR63039的基因组分析部分澄清了其抗生素多耐药机制。此外,M.odoratimimus PR63039基因组中还预测到38个毒力因子和两个原噬菌体。四株临床M.odoratimimus菌株(M.odoratimimus PR63039、M.odoratimimus CCUG10230、M.odoratimimus CCUG12901、M.odoratimimus CIP101113)之间的比较基因组学分析结果表明,它们的基因组同源性比较大。系统发育树显示菌株CCUG10230、CCUG12901和CIP101113可能属于相同的克隆。所有菌株基因组中均存在多种抗生素耐药基因,CCUG12901、CIP101113和CCUG10230中预测到的耐药基因几乎一致。共线性分析表明四个基因组是非常相似的,即使存在一些染色体重排。通过CRISPR预测分析,我们发现菌株PR63039含有三种类型的CRISPR,CCUG10230含有四种类型的CRISPR,但菌株CCUG12901和CIP101113的基因组中无CRISPR序列。此外,所有四株临床分离菌基因组中均预测到原噬菌体序列,尽管原噬菌体组成元件略有差别。总体上,该论文在基因组水平上部分阐明了M.odoratimimus PR63039抗生素多耐药机制、致病力机制、4株临床M.odoratimimus致病菌之间的同源性。这些基因组数据和发现为临床M.odoratimimus菌感染的治疗和新抗生素研发提供了理论指导。