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茎直黄芪（Astragalus strictus）属豆科（Leguminosae）黄芪属（Astragalus），是一种多年生草本植物。茎直黄芪是西藏地区的一种毒草，近年来有扩张的趋势。然而，目前对于茎直黄芪的相关研究主要集中于其所含化学物质及有毒成分的含量和分布问题，而有关茎直黄芪遗传多样性、遗传结构的研究很少。因此，本研究将以西藏毒草茎直黄芪为材料，采用AFLP分子标记技术，对米拉山口沿不同海拔梯度采集的22个种群390个个体的种群遗传结构和种群遗传多样性进行分析。实验共选取9对引物，PCR扩增得到了508个位点。经GENALEX6.1、PopGene3.2及Structure2.2统计软件分析实验数据，得到以下结果: (1)米拉山口东侧茎直黄芪的种群遗传多样性随海拔梯度升高而降低，西侧的种群遗传多样性随海拔梯度升高而无明显变化。 研究结果显示，22个茎直黄芪种群总的多态位点百分率(P)为86.61％，Shannon信息指数(I)为0.404，Nei基因多样性指数(h)为0.265，等位基(Na)为1.866，有效等位基因(Ne)为1.439。东侧种群的遗传多样性与海拔梯度具有负相关性，西侧种群的遗传多样性与海拔梯度无显著相关性。 (2)茎直黄芪的种内遗传变异高于种间遗传变异，东西两侧的种群间存在显著的遗传分化。 AMOVA分析结果显示，米拉山口东侧种间遗传变异为13％，种内遗传变异为83％，遗传分化系数(GST)为0.155;米拉山口西侧的种间遗传变异为11％，种内遗传变异为89％，遗传分化系数(GST)为0.140。22个种群的种间遗传变异为11.22％，种内遗传变异为83.01％，区域间遗传变异为5.77％，遗传分化系数(GST)为0.174。茎直黄芪的遗传变异主要存在于种群内。主成分分析(PCA分析)及Structure贝叶斯聚类分析结果显示，米拉山口东侧和西侧的种群之间存在有明显的遗传差异，其遗传分化程度较高。 (3)遗传距离和地理空间距离之间具有一定的相关性。 研究结果显示，22个茎直黄芪种群间水平距离越远，遗传距离越大，遗传分化程度也将越大，遗传距离与水平距离呈正相关性(R2=0.064，P＜0.05)。其中，米拉山口东侧的11个种群，其遗传距离与水平距离及垂直距离均具有正相关性(R2=0.0335，P＜0.05; R2=0.1843，P＜0.05)。米拉山口西侧的11个种群，其遗传距离与水平距离之间存在不显著的线性关系(R2=0.0017，P＞0.05)，遗传距离与垂直距离之间呈正相关性(R2=0.0155，P＜0.05)。 本研究对茎直黄芪种群遗传多样性和种群景观遗传结构进行分析，有助于了解其最适生存环境、扩散途径、扩散方式以及遗传多样性与空间距离的关系，能够为西藏毒草茎直黄芪的防控提供理论依据。