本文在调查、分析禽流感发生情况以及影响疫情相关因素的基础上，针对我国野鸟迁徙的2条主要路线，对我国禽流感病毒生态分布和禽流感流行现状的研究，对爆发高致病禽流感疫区的自主活动鸟类禽流感的血清学调查与分析，对黑龙江省部分地区散养畜禽流感病毒感染的血清学调查与分析，并对鹅源H5N1亚型禽流感病毒新疆分离株A／Goose／XJYL／10／2003HA基因的克隆和序列测定与分析，对H5N1亚型禽流感病毒新疆株NS基因的克隆和序列分析。在此基础上，对禽流感发生的流行病学分析，对高致病性禽流感时空分布规律的初步研究，从而初步建立了高致病禽流感传播的风险评估框架，分析并构建了温度对我国禽流感传播影响的时空模式，建立了禽流感免疫与流行的生物数学模型初析。本文的主要结论是：1．禽流感的发生和流行有其必然的因素，多发生在水多、鸟多、林子多以及野鸟迁徙地及其周边生态环境。2．对高致病性禽流感时空分布规律的初步研究，初步建立了高致病禽流感传播的风险评估框架。3．对2004年我国发生禽流感时的气温进行了研究，研究结果显示风险区域随时间变化而转移，其时空模式为：1—5月，风险区域从南向北迁移：6—8月，除青藏高原外，全国基本处于低风险；9—12月，从北向南迁移。其时空转移规律与2004年第一季度的禽流感疫情扩散趋势基本吻合。4．建立了禽流感免疫与流行的生物数学模型初析。5．对爆发高致病禽流感疫区的自主活动鸟类禽流感的血清学调查与分析，结果提示我们，对我国野生生态系禽流感病毒的监测是预警、预报我国家禽流感爆发的有效途径，也是十分必要的，同时血清学的检测结果为我们进一步的分子水平的分析研究提供了明确的靶向。6．对黑龙江省部分地区散养畜禽流感病毒感染的血清学调查与分析，试验检测结果表明，在黑龙江省的畜禽养殖中，尤其是猪与家禽当中，存在流感病毒的传播，在水禽、鸡群中有H5亚型流感病毒存在，在猪群中H9亚型流感病毒感染与流行。7．对鹅源H5N1亚型禽流感病毒新疆分离株A／Goose／XJYL／10／2003HA基因的克隆和序列测定与分析，分析结果表明，本试验株与广东、香港和东南亚等不同地区的H5N1禽流感病毒HA的核甘酸序列的同源率很高，其氨基酸切割位点附近具有高致病性禽流感病毒的特征。系统进化树分析表明，新疆株为独立分支，属于欧亚种系。8．对H5N1亚型禽流感病毒新疆株NS基因的克隆和序列分析，序列分析结果表明，新疆毒株间的核甘酸同源率为97.8％-98.9％，氨基酸同源率为96.5％-98.7％，与广东、香港和东南亚等不同地区的11个毒株比较，同源率在90.0％-99.4％之间。与来自野禽、猪等不同种类的11个流感毒株比较，同源率在81.4％-99.3％之间。系统进化分析表明，新疆株独立分支。9．对1株环志鸟H5N1亚型禽流感病毒血凝素(HA)基因和神经氨酸酶(NA)基因进行扩增、克隆和序列测定。结果表明，HA基因全长1707bp，编码568个氨基酸，NA基因全长1350bp，编码446个氨基酸。HA基因有7个糖基化位点，在裂解位点附近有连续6个碱性氨基酸的插入；NA基因有3个糖基化位点。结果证实了野鸟中存在高致病力禽流感病毒。