加入WTO以来,我国农产品的贸易总额持续增长。伴随着贸易规模的不断扩大,2004年农产品贸易首次出现逆差,且逆差呈逐步上升趋势。作为发展中国家的代表,我国农产品无论是数量、种类,还是品质、口碑等在国际市场上长期占据比较优势。但是持续至今的逆差及农产品在国际市场上出现的种种问题不得不让人深思,中国农产品贸易的比较优势丧失了吗?20世纪90年代以来的学者,提出制度因素对一国产品的贸易模式、贸易利得及比较优势产生影响,为研究我国农产品贸易的比较优势提供了新的视角。但是制度差异究竟如何影响农产品的比较优势?其影响程度如何?如何从制度层面提高农产品的比较优势?这一系列问题都亟待解答。文章以契约制度影响交易成本作为主线分析了制度构成比较优势的来源,总结出制度差异对农产品比较优势的形成机制：首先,制度影响交易成本进而影响“全成本”比较优势；其次,制度影响技术选择与要素投入方式：第三,制度影响分工与生产效率；最后,制度影响农产品生产过程中的环境成本和代际成本。从这四个层面可以看出,制度对农产品比较优势的形成具有重要影响,与劳动力、土地、资本、技术等要素不同的是,制度既能直接影响比较优势的大小,又能通过其它媒介间接对比较优势产生影响。实证分析发现,制度差异对农产品比较优势的显著影响在世界范围内得到了验证。但是分别考察发达国家与发展中国家,却发现制度差异对比较优势的显著影响仅存在于发展中国家,发达国家并不明显。这一结论对我国来说,可以成为解决农产品贸易问题的重要切入点。文章按照背景说明、理论阐述、现状分析、实证探究的脉络进行,第5部分为解决当前我国农产品的贸易问题从制度层面提供了一些建议,以期能够提高农产品贸易的比较优势,促进农产品市场的有序发展。