背景与目的生物质谱技术是进行蛋白质组分析的重要技术,应用质谱分析蛋白质组需要将蛋白酶解为肽段,但传统酶切法需要16h以上,限制了蛋白质组分析的通量。微波辅助酶切法与超声辅助酶切法是两种快速酶切方法,可以在几分钟内完成酶切,但他们用于蛋白质组样品的酶切效率、所获多肽的特点及两者的优缺点还有待进一步研究。方法本文分别研究了两种快速酶切方法在溶液内酶切和胶内酶切的酶切特点。研究中首先对超声辅助酶切法的功率进行了优化,应用20w、100w、200w超声功率对标准蛋白(牛血清白蛋白,bovine serum albumin, BSA)和复杂样品(人尿蛋白质组样品)进行超声辅助酶切,根据质谱鉴定结果筛选酶切效率最高的功率；然后分别应用过夜、微波、超声、混合使用微波超声法四种方法对BSA和人尿蛋白质组样品进行处理,以传统酶切法为对照,分析微波辅助酶切法与超声辅助酶切法的酶切特点。结果溶液内样品酶切,对于超声酶切功率的优化,BSA质谱分析结果显示,20w、100w、200w的MASCOT评分、匹配的多肽数和肽段的覆盖率无统计学差别,200w的鉴定结果略好。对复杂蛋白人尿蛋白组的分析结果显示,200w的蛋白鉴定数、多肽数和谱图鉴定率均高于其他两种功率。对于不同方法酶切特点的分析中,BSA的结果显示,与传统过夜酶切法相比微波辅助和超声辅助酶切法的的蛋白和多肽鉴定率均更高,但多肽段回收率低且误切率高。快速酶切方法中,超声法的结果要优于微波法。对复杂蛋白人尿蛋白组酶切分析结果显示,超声辅助酶切法的蛋白鉴定结果、多肽数目和谱图鉴定效率均最高。胶内样品酶切,超声结果显示,超声波会造成胶粒的碎裂,影响后续实验的操作,导致胶粒丢失,造成多肽的损失。对于超声酶切效率的优化,BSA质谱分析结果显示,20w的MASCOT评分、匹配的多肽数和肽段的覆盖率均高于其他两种功率。对复杂蛋白人尿蛋白组的分析结果显示,20w的蛋白鉴定数、多肽数和谱图鉴定率均高于其他两种功率。对于不同方法酶切特点的分析中,BSA的结果显示,与传统过夜酶切法相比微波辅助和超声辅助酶切法的的蛋白和多肽鉴定率均更高,但多肽的误切率较高。快速酶切方法中,微波法的结果要优于超声法。对复杂蛋白人尿蛋白组酶切分析显示,微波辅助酶切法的蛋白鉴定结果和谱图鉴定效率均最高。结论在溶液内酶切中,应用200w功率的超声辅助酶切法的鉴定结果最好,要优于微波辅助酶切法。两种快速酶切法虽然都比传统过夜酶切法可以得到更好的质谱鉴定结果,但是它们的样品损失会更多,部分多肽酶切不完全。在胶内酶切中,微波辅助酶切法的鉴定结果最好。超声辅助酶切法会造成胶粒的碎裂,在操作中会引起胶粒的丢失,降低多肽回收率的损失,在三种功率中20w的鉴定效果最好。两种快速酶切法比过夜法都可以得到更好的质谱鉴定结果,但是它们的误切率较高。