利用亲和质谱筛选果蝇Argonaute1相互作用蛋白

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RNAi(RNA interference,RNAi)是一种可以在转录后水平上导致基因沉默的技术,这种技术主要借助ds RNA(double-stranded RNA,ds RNA)来诱导产生基因沉默(Gene silencing)现象,在RNAi过程中,mi RNA(micro RNA,mi RNA)和AGO蛋白都起着非常重要的作用。mi RNA是一类长度约为22nt的小RNA,其广泛分布于生物体内,并且可以通过AGO蛋白来与目标m RNA(messenger RNA,m RNA)结合,从而调控目标m RNA的翻译。AGO蛋白是mi RNA诱导的基因沉默过程中的关键因子,其主要包括三个功能结构域:PAZ,MID和PWPI。其中PIWI结构域具有核酸内切酶的活性,PAZ结构域可以结合小RNA的3’端,而MID结构域可以结合小RNA的5’端。因此,AGO蛋白在RNAi过程中具有mi RNA招募以及m RNA切割的功能,AGO的这些功能直接影响了RNAi效果的产生,并对基因沉默起着关键性作用。介于AGO蛋白在基因沉默中的作用,希望通过以下实验能够筛选出与AGO1具有相互作用的蛋白。本文首先在果蝇S2细胞系中对Ago1基因进行敲低,并借助q RT-PCR检测Ago1基因的敲低效率,在取得明显敲低效率后提取S2细胞的总RNA,之后分离m RNA进行测序,对测序结果分析后发现了bantam和mi R-9b两个在果蝇细胞中丰度最高的mi RNA,之后构建用于验证Ago1与上述靶点关系的质粒。其次,在果蝇的S2细胞系中,构建了mi RNA的报告系统。随后,我们利用亲和质谱技术对果蝇AGO1的互作蛋白进行了筛选,并挑选了14个候选基因进行验证。我们在果蝇S2细胞中将候选基因进行敲低,并通过mi RNA的报告系统来分析上述候选基因对mi RNA-AGO1介导的基因沉默功能的影响。最后的报告系统实验结果显示:对14个候选基因的敲低,并不会对mi RNA-AGO1介导的基因沉默功能产生影响。
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