基因表达调控是当今分子生物学研究的中心内容之一。在整个基因表达调控过程中,充满着蛋白质-核酸及蛋白质-蛋白质相互作用的问题,涉及生命现象的最本质内容。因此,生物大分子的研究,特别是蛋白质-核酸相互作用体系的研究,正从根本上全面地推动着生命科学的发展。而在计算机上模拟研究蛋白质-核酸作用的时候,势能函数的精准是一个很重要的基础。我们在DFIRE的基础上减短了统计距离,使用了更全面的原子类型,并使用了以贝叶斯统计原理为基础的背景统计小数修正和为了区分蛋白质核酸原子类型的体积分数修正,从而得到了一种更先进的蛋白质核酸作用的基于知识的统计势函数。在从核酸的Threading,蛋白质核酸对接,自然态碱基的还原能力,碱基结合能力矩阵与实验对比等各方面验证了它对别的方法的优势。本文的第三章,对使用小世界网络理论来建立用于研究蛋白质三维结构的模型进行了一些探索,研究结果表明不同的蛋白质自然态经过粗粒化得到的三维结构网络的属性有一定的规律性,将来可以被用来建立研究蛋白质的新方法。本文的第四章使用多正则系综的Monte Carlo方法模拟了6个珠子的聚两性电解质链低温下的热力学性质。结果表明单体上的电荷的数量和序列对聚两性电解质链的转变行为具有深远的影响。对于随机分布的带电单体,由于单体移动的被限制而且链可以更直接达到固态,带有相反电荷的单体在塌缩中总会粘在一起。有趣的是,对于电荷序列是安排好的单体,链也许可以有一个类蛋白的非退化态,也就是说,这种链是可设计的。这种聚两性电解质链的转变看起来是两态的,全部或者全否的类型。