2016年,随着国务院《关于整合城乡居民基本医疗保障制度的意见》(下称《意见》)的正式颁布,城乡二元体制背景下的新型农村合作医疗制度面临着转型与整合。在城乡一体化背景下,与之相对应的基本医疗保险制度的整合也是势在必行,即把新型农村合作医疗制度和城镇居民医疗保险制度进行整合。《意见》的出台,使我国新型农村合作医疗制度在立法层面有了一个更加明确的目标。针对目前“新农合”制度内容和实施中的存在的法律问题,本文从理论和实践方面分析新型农村合作医疗制度产生问题的原因,既有特殊时期体制的原因,也有制度本身存在的原因。基于对这些问题的深层次原因的分析,总结出我国新型农村合作医疗制度在城乡一体化背景下的发展逻辑。通过对比新型农村合作医疗制度与城镇居民医保制度,再比较新型农村合作医疗制度的发展模式,总结出新型农村合作医疗制度发展所遵循的逻辑。本文最后针对新型农村合作医疗制度所存在的问题以及发展过程中所顺应的逻辑,笔者重新审视现阶段我国的新型农村合作医疗制度,结合城乡一体化发展趋势,提出几点整合的建议:首先我们应该立足国情,聚焦热点问题。其次需要加快制度并轨,实现均等覆盖。在这个过程中应该从体制机制以及国家政策方面入手,来完成健康中国的目标。最后就是法治医保的构建。既需要强化政府的责任,也需要找准立法的基础和原则,并在立法中明确法律责任机制,为新型农村合作医疗制度的整合提供一条更好的道路。