科学、准确地评估水生生物群落动态是调整和改进水生态保护工作的重要依据,对水资源保护和水环境治理具有重要指导意义。鱼类、大型底栖无脊椎动物和浮游植物是水生生物的重要类群,在淡水生态系统中分布广泛,是环境监测的重要指示生物。本研究以赣江流域的鱼类、大型底栖无脊椎动物和浮游植物为对象,基于2016-2017年的野外调查数据,系统分析了三种生物类群的物种组成、物种多样性、群落结构,以及影响这三类水生生物群落结构的环境因子,基于生物完整性指数（index of biological integrity,IBI）对水生态系统健康状况进行了评价。研究结论如下:（1）2016-2017年赣江流域共鉴定出鱼类159种,隶属9目24科87属,优势种为侧条光唇鱼（Acrossocheilus parallens）、蛇鮈（Saurogobio dabryi）和银鮈（Squalidus argentatus）;大型底栖无脊椎动物229种,隶属5门10纲25目81科,优势种为霍甫水丝蚓（Limnodrilus hoffmeisteri）和河蚬（Corbicula fluminea）;浮游植物185种,隶属于8门,优势种为简单舟形藻（Navicula simplex）、狭形纤维藻（Ankistrodesmus angustus）、十字藻（Crucigenia apiculata）和梅尼小环藻（Cyclotella meneghiniana）。（2）三种类群的物种组成对季节变化敏感性不同,赣江流域浮游植物物种组成的季节差异最显著（P＜0.05）,大型底栖无脊椎动物（P＞0.05）和鱼类（P＞0.05）物种组成的季节性差异均不显著。赣江流域的鱼类群落结构空间异质性较高,底栖动物次之,浮游植物最小。浮游植物的季节性差异最大,底栖动物次之,鱼类最小。（3）赣江流域三种水生生物类群的物种多样性均存在较强的空间异质性,且空间变化趋势有所不同。鱼类全年的Shannon-Wiener指数为0.49-3.26,Simpson指数为0.24-0.93,Pielou指数为0.26-0.90,Margalef指数为1.29-7.05;总体上,Shannon-Wiener指数、Margalef指数相对较高,而Simpson指数和Pielou指数一般;除Margalef指数上、中、下游均出现了丰富度较高的区域外,其它指数均表现为下游显著高于中、上游。大型底栖无脊椎动物的Shannon-Wiener指数为0-2.28,且较高的区域主要出现在支流;Simpson指数为0-0.85,上游支流和中游支流较高;Pielou指数为0-0.91,在上游支流较高,且显著高于其他区域;Margalef指数为0-4.09,支流显著高于干流。浮游植物的Shannon-Wiener指数为1.52-2.80,下游高于中、上游,但差异不明显;Simpson指数为0.61-0.92,空间差异不明显;Pielou指数为0.64-0.93,中下游干流和部分支流稍高于其他区域;Margalef指数为0.44-1.83,仅上游支流和下游河口出现了较高的区域。（4）影响三种水生生物类群分布的环境因子存在一定的差异性。影响鱼类群落分布的主要环境因子为海拔、NH3-N和DO（P＜0.05）,影响底栖大型无脊椎动物的主要环境因子为海拔、p H、Cond和DO（P＜0.05）,而影响浮游植物的主要环境因子为WT、DO、BOD和TP（P＜0.05）。（5）基于F-IBI、B-IBI和P-IBI评价结果,赣江流域的水生态系统健康状况评价结果分别为亚健康、一般和健康,且不同生物类群的水生态系统健康评价表现出了显著差异（P＜0.05）。（6）本研究应用的F-IBI、B-IBI和P-IBI可作为赣江水系水生生态系统健康评价和资源管理的工具。鱼类和底栖大型底栖无脊椎动物适合进行年度监测,而P-IBI在实时监测或连续监测方面更有效。