随着各国经济的高速发展,全球性的环境污染问题日益严重。我国是典型的水质型缺水国家,水体的污染已经严重影响到了人民的生活质量。近年来,环保部门投入了大量资金,在全国重点流域建成了100多个水质在线监测系统,对主要水系的水质变化和污染物总量的变化进行实时监控。本文首先对国内外水质在线监测系统的应用现状进行了介绍,以上海市苏州河干流水质自动监测系统为例,对水质在线监测系统的组成、原理、技术要点及各部分功能如何实现进行了深入的研究和探讨；对苏州河干流水质自动监测系统的监测数据进行了对比实验(自动在线监测和实验室监测方法),并运用数理统计的方法对实验结果的可信度进行了分析。结果表明苏州河水质在线自动监测系统监测数据真实可靠,能够用于水质的监督和运行管理中。本文还针对我国目前水质在线自动监测系统“重建设、轻管理”的现状,探讨并制定了水质自动监测系统的质量控制体系,总结了水质自动监测系统的质量控制措施；针对我国目前水质在线自动监测系统管理的现状,分析对比了现行的两种管理模式的利与弊,总结了适合大中型城市水质自动监测系统的运营管理办法。这些经验有利于我国的水质监测水平的提高,加快在线监测技术在水质监测行业的应用步伐,对有效保护水资源和提升我国水质自动监测行业的整体水平具有重大的意义。