庞贝氏病（酸性麦芽糖酶缺乏症,即糖原贮积症II型）是一种常染色体隐性遗传疾病,因为溶酶体酸性α-1,4-葡萄糖苷酶的缺乏,导致体内大量糖原不能被降解,从而在骨骼肌、心肌和平滑肌等组织细胞内聚积而形成。庞贝氏病本质上是一种叫做α-葡萄糖苷酶（GAA）发生病理性变异而导致的罕见多系统疾病。本研究我们旨在一个伴有脑梗和脑白质病变的晚发型庞贝氏病家庭中找出致病变异以及肠道微生物结构与疾病表型间的关系。本研究通过对一个中国家系中的6个正常个体,2个患病个体和1个疑似患儿进行全基因组测序（WGS）,并应用生物信息学方法来寻找候选致病位点。通过sanger测序和酶活结果进行验证,并进一步分析突变和表型之间的关系。为了解释女性患者孩子的异常情况,采用宏基因测序和分析的方法来探讨疾病表型与肠道微生物之间的关系。对该家系9位家族成员的基因组进行测序分析后找到了一个新的复合杂合突变,即位于GAA基因16外显子的c.2238G>C和位于9号外显子的c.1388₁406del19,此突变为该受检家系发生庞贝氏病的致病原因。这一复合杂合突变其中一个突变是来自于患者父亲的错义突变c.2238G>C（p.Trp746Cys）,另一个则来自母亲的移码突变c.1388₁406del19（p.Arg463fs）。而c.2238G>C（p.Trp746Cys）突变会导致第746号的密码子由非极性色氨酸突变为极性半胱氨酸,影响了酸性α-葡萄糖苷酶功能。c.1388₁406del19（p.Arg463fs）是一移码突变,会导致在462个氨基酸处的蛋白翻译提前终止。宏基因组分析结果显示,女性患儿肠道菌群出生时虽然异常,但是后来恢复到正常指标,原因可能是受母亲肠道微生物的影响。结合基因组的信息,我们可以得出,女性患者的孩子为携带者,但由于另一条同源染色体是正常的,所以不会患病。本研究首次报道了来自中国家庭新的GAA复合杂合突变,丰富了庞贝氏病的基因突变谱,为研究疾病表型与突变之间的关系提供支持。首次使用肠道菌群来解释表型的异常以及并发症,这是一种非常有前景的方向,可以为疾病研究提供新的角度。