本文以辽宁双台河口国家级自然保护区为主要研究对象,利用CAP软件选择丹顶鹤、黑嘴鸥及野大豆为重点保护对象,系统收集相关物种种群数量信息,分析保护对象生存现状,进而探讨分析主要保护对象的繁殖栖息地景观破碎化情况,并基于现状讨论当前保护区功能分区方案的不合理性,结合以上分析提出新的探讨性分区方案。具体方法内容：首先依据野外收集珍稀鸟类种群数量信息,运用大自然保护协会研发软件---CAP Excel workbook,确定丹顶鹤、黑嘴鸥及野大豆为主要保护对象,并确定保护对象的关键属性,选择合适指标对保护区重点保护对象保护价值及生存能力分析,构建保护对象与受威胁因子的空间数据库,直观反映人为活动对野生动物的影响及其保护区管理问题；其次结合收集的水文、土里利用、植被分布情况等相关地理数据,运用GIS软件制作保护区景观分类图,并结合Fragstats软件计算5个指数(斑块密度指数PD、斑块破碎化指数FN、景观形状破碎化指数FS、平均临近距离MNN、廊道密度指数CD),对保护区整体生境景观破碎化情况进行分析和评价；第三基于以上保护区保护价值以及现状分析,结合当地科考总规报告对原分区方案合理性分析；最终利用ArcGIS空间分析相关基础地理数据,提出新的合理的探讨性的分区方案。本文主要结论：(1)保护区主要保护对象为丹顶鹤、黑嘴鸥及野大豆,均处于濒危状态,需要人类对其进行保护管理。CAP软件计算得出保护对象的生存能力为“一般”,生物多样性等级“一般”,其主要威胁为农田开垦、栖息地面积减少、破碎化程度高、芦苇生物量下降、上游水库拦蓄等,其威胁状态为“高”,即保护对象受干扰较为严重,如果人类未加以有效的管理保护,物种将会濒临灭绝,生物多样性降低；(2)研究区整体破碎化指数为0.271,破碎化程度虽较低,但是整体板块密度为0.720个／km2,同时保护对象的主要栖息地—芦苇沼泽、滩涂等,形状破碎化指数为0.361,0.402,均较高。这说明主要保护对象的生境受干扰较为严重,其主要原因为人类活动的干扰,如石油的开采、农田开垦等。进而廊道密度的增加,驱使破碎化程度具有加深。廊道景观的发展是景观破碎化的前提和动因；(3)双台河口探讨性的分区结果为：核心区29580.4公顷,占总面积的37%,缓冲区18332.4公顷,占总面积的23%,实验区32087.2公顷,占总面积的40%,其比例为37：23：40,新功能分区将双台河口重点保护物种均分布繁殖区域均划分到核心区与缓冲区内达到保护效果。