本研究利用两套材料，即来自一个籼／粳交（圭630／02428）的双单倍体（DH）系和另一组由多种类型的籼、粳组成的对照组，从分子水平上研究了水稻亲本的遗传分化程度。在此基础上探讨了亲本的遗传分化程度与籼粳杂种优势的关系。结果表明：1栽培稻中存在两种主要的差异类型，即质的差异和量的差异。前者主要存在于籼、粳分化程度比较高的对照组中，85％以上的有关位点已经发生了籼或粳的分化取向；后者主要存在于DH群体中，平均只有51.5％的位点发生了倾籼的趋向，或48.5％的位点发生了倾粳的趋向。2两套测交F₁群体的结果一致表明，亲本遗传分化程度对穗数和千粒重的影响相对较小，但是对每穗结实粒数和结实率这两项体现育性的指标影响较大。当亲本遗传分化综合指数TDj值为20—25时，育性指标有一个峰值，对应产量优势也有一个峰值。亲本遗传分化程度对杂种优势的影响主要体现在育性这一敏感也是主要因子上。另一方面，本研究结果表明中间型亲本在水稻杂种优势利用上具有重要的地位。3 87.8％的这种标记参与了对杂种优势显著或极显著的影响，表明在水稻的演化过程中，参与适应性进化的基因与控制经济产量的QTLs存在平行进化关系。进一步分析结果表明，杂种F₁育性是一个影响籼粳杂种产量优势的主要因子，而F₁育性同时受分化标记位点内和位点间基因互作的重要影响，提出了解释籼粳杂种育性现象的新模式。