为贯彻落实党中央、国务院提出的“五位一体”建设要求，新疆“十二五”规划倡导“资源开发可持续、生态环境可持续”的道路，对煤炭资源开发的要求是引导煤炭资源的规模开采、提高准入门槛、严格审批项目，遵循先规划后开发、开发的同时加强保护、减少破坏的原则，积极做好煤炭资源开发的生态补偿和企业的污染治理。新疆煤炭预测资源量分别为2.19万亿吨，占全国40%左右，拥有准东、伊犁、吐哈、库拜四大煤田，现阶段，准东、吐哈矿区开发较快，准东矿区定位为煤电和煤制气基地，吐哈矿区定位为疆煤外运。本文以现阶段新疆煤炭资源开发的利益分配格局为研究突破口，文章第三章梳理清晰新疆煤炭行业的特点。指出现阶段新疆煤炭资源利益分配现状是以煤炭企业为中心、不同级政府之间、地方居民的特定利益分配。文章第四部分，构建融入生态补偿后的新疆煤炭资源开发利益分配机制应该以：以煤炭开发生态环境的保护为核心、以调节各利益主体利益为目标、以改革税费为手段、以“两个可持续”发展为结果。开征生态补偿税、调整煤炭企业税费征收、市场化模式下新疆煤炭企业的“自我主动修复”可以作为融入生态补偿后的新疆煤炭资源利益分配手段。对新疆投入产出分析发现，在生态补偿税=5%下的价格升幅下，对新疆煤炭资源征收生态补偿税对煤炭采选业本身影响最大（7.691%），对新疆第三产业（0.338%）等居民社会生活重要相关的产业影响不大。在总体物价水平上涨0.8935%的水平下，社会是完全可以接受的。文章第五部分分析融入生态补偿后对新疆煤炭资源开发利益分配的影响，表现在改善政府之间利益分配、调节新疆煤炭资源开发企业利益分配、运用生态补偿税费可以扩大生态环境及“弱势群体”获得的利益分配份额、促使新疆煤炭资源开发走可持续发展道路。