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小麦是世界最重要的粮食作物之一。黑麦是小麦改良中十分重要的近缘物种之一,黑麦中携带着很多有益的目的基因,将黑麦所携带的许多优良基因导入小麦是提高小麦遗传基础十分有效的途径。在利用黑麦改良小麦的过程中,对于导入小麦中的黑麦染色质进行快速、准确的鉴定是必需的。本研究对小麦品种绵阳11与黑麦Kustro的杂交后代进行了分子细胞学鉴定,利用已报道的小麦微卫星引物、小麦miniature inverted-repeat transposable elements (Mites)引物以及本实验室设计的小麦Mite序列引物,对小麦-黑麦单体附加系进行PCR扩增,以开发黑麦特异和黑麦染色体特异分子标记。研究结果如下：(1)筛选出了一套新的小麦-黑麦单体附加系(1R-7R)、部分二体附加系和端体附加系。(2)根据在NCBI (美国国立生物信息技术中心)公布的小麦MITE序列,设计了50对PCR引物。(3)经过扩增鉴定,筛选出黑麦特异引物：0leu-FN30、0leu-AY44、Thal-AK63、 Eos-AY494、Eos-AY81、Thal-EU01、FN564427-3、FN564436-5和mite 3101-23.1, Xgwm153、Xgwm232、Xgwm260和Xgwm304。(4)发现黑麦染色体特异性标记：Thal-EU82、FN564427-15和mite3101-34.1。其中Thal-EU82为3R特异性标记,FN564427-15、mite 3101-34.1为4R特异性标记。(5)扩增产物有变异的标记有：Eos-564、Pan-DQ871、DQ537335-7、mite 2226-1。(6)将引物01eu-FN30从黑麦Kustro中扩出的特异条带回收克隆并测序,在NCBI中经blast比对,发现该序列的55bp-750bp与命名为AF245032.1的序列当中1545bp-2219bp相似度达90%,而序列AF245032.1是一段逆转录转座子序列,这也就证明我们的测序序列为逆转录转座子的一部分。研究结果为黑麦3R,4R染色体特异的鉴定提供了新的标记。