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近年来发现的小分子非编码RNA在真核生物细胞中拥有多种重要的生理生化及生长发育调控功能。在植物体内，内源siRNA就是其中一种很重要的小分子RNA。它有指导靶mRNA切断、抑制蛋白翻译、修饰染色质、抵御病毒侵袭及抑制转座子转座等作用。为进一步研究植物中内源siRNA的结构与功能，此项研究以本实验室已构建的小分子RNA cDNA文库为基础，进行小分子RNA序列测定及分析。共测出来432个小分子RNA序列，这些小分子RNA序列的长度介于18-28nt，大部分集中于21-22碱基以及24碱基处。通过Rfam数据的筛选，总数432的待分析小分子RNA含有重复的序列3个，rRNA降解片断12个，snoRNA同源片断2个，通过本地BLAST的方法搜索水稻基因组数据，发现387个序列与已知的基因组序列完全相同，占测得小分子RNA序列总数的89.5﹪，大部分位于基因间隔区(86﹪)，没有在基因组中搜到座位的有28个。分析小分子RNA序列在水稻染色体上分布，发现24nt的siRNA大都位于转座子或者附近。LT13-7在基因组中搜索到极多的完全匹配的座位(1560个)，而现今发现的内源siRNA在基因组中的座位不会超过20个，LT3-7可能与在水稻中未被发现的重复序列相关。此外，本研究还发现15个由不同或相同siRNA组成的簇，在这些簇内siRNA座位之间的距离不会超过500bp，最多有13个相同的siRNA(siRNA LT1-3)组成一个簇，长度为1.5kb左右。有意思的是，在一些siRNA基因簇中，siRNA序列每隔特定距离就发生重复。
本研究通过northern杂交，验证了12个siRNA的表达，其中LT12-9只在未分化的胚性愈伤组织中表达，暗示LT12-9可能与愈伤组织的分化过程相关。此外应用ViennaRNA-1.6.1，对387个小分子RNA位点附近约500碱基的序列进行了二级结构折叠分析，预测到31个siRNA能形成茎环结构的前体，不排除它们其中有部分可能是miRNA。本研究采用Patscan程序搜索水稻cDNA数据库，预测siRNA的靶目标。发现23和24nt的siRNA的靶基因大多是转座子，这进一步证实了24nt左右的siRNA与转座子相关的推测。LT10-3的预测靶基因是依赖RNA的RNA聚合酶，它与siRNA的生成有关。也就是说，siRNA可能有更高级的自我反馈调控系统，通过抑制RdRp的翻译，抑制更多其它的功能siRNA生成，从而实现更广泛更强大的调控功能。此外，本研究还发现一些siRNA的预测靶基因与植物的分化及生长发育相关，这些siRNA可能在植物的分化及生长发育过程中起重要作用。