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本文目的在于研究模式植物盐芥EST库中某未知基因的生物学功能,因此将多种鉴定方法用于同一基因的功能的研究。通过多种方法,研究了盐芥EST库中某未知基因的功能,并推测该基因在盐芥耐盐机制中的作用。
在200mM的NaCl处理的45日龄小盐芥(山东东营)地上部分构建的λZap-cDNA文库(EST文库)中,筛选到的第100(B1698705)号序列是一个未知蛋白,我们命名为NOVEL蛋白。通过对其序列特征、基因结构的分析得知该蛋白基因全长序列为474bp,编码158个氨基酸(158AA,大约18KD)。该未知蛋白在该EST库中相比于对照表达丰度较高,并且在大约1580个标签中该基因检测到六个,均为表达丰度较高的基因。通过软件分析描述该蛋白可能定位于核内。该蛋白分子较小,推测该蛋白可能具有NaCL诱导下转录调控元件的特性,将重点研究其功能与作用。
Northern-Blotting分析表明小盐芥在200mmol/LNaCl处理不同时间下的该基因在盐芥地上部分表达量明显高于对照,随时间的延长该基因在盐芥地上部分中的表达量会增加,48hr达到最高;用不同浓度的NaCl处理盐芥24小时,发现不同浓度NaCl处理后该基因在盐芥地上部分的表达量也有所升高,其中在150mMNaCl处理下转录水平最高,而在200mMNaCl处理下转录水平又开始略微下降;该基因在4℃低温处理下的表达量显著提高,3小时其表达量达最高,随着处理时间的延长Novel基因的表达量又逐渐降低;该基因在40℃高温处理下表达量变化趋势不明显。
该基因在盐芥中的沉默株系中,在NaCL(200mmol/L)及长期(45天)冷(4℃)处理下并未见较明显表现型;该基因在拟南芥中的过量表达株系,进行了多组处理。
野生型和转基因拟南芥生长45天后,用200mMNaCl处理24小时,处理中转基因拟南芥生长状况均好于野生型;在氧化胁迫处理实验中,0.5μM甲基紫精(MethylViologenMV)处理对于拟南芥野生型的伤害作用更大;2μMABA(脱落酸)处理的生长形势来看,对于野生型来说,发芽率以及生长情况都不及转基因过量表达型,直观看到该转基因过量表达拟南芥的抗盐性有所提高。
实验又构建了原核表达体系,在体外表达纯化该基因编码的蛋白,用于制备抗体。但由于抗体制备过程中抗原纯化的困难,使得抗体特异性不高,无法进行进一步的免疫共沉淀实验。
又进行了该基因编码蛋白的细胞内定位实验,采用绿色荧光蛋白载体pPK100构建了NOVEL-GFP融合蛋白表达载体,并在洋葱表皮细胞内进行瞬时表达,通过荧光共聚焦显微镜观察该融合蛋白的定位。
由于原核表达蛋白纯化实验中,出现相同大小的杂质蛋白无法除去,为了对这些杂志蛋白进行鉴别,将杂蛋白进行了质谱分析,希望获得与目的蛋白有相互作用的蛋白的信息。
结合实验结果以及cDNA序列的相关资料推测:Novel基因可能位于核内并在调控耐盐相关基因的开关中起作用。