随着股权分置改革进入尾声，妨碍我国证券市场发展的主要制度缺陷已经消除，我国证券市场步入了新的发展阶段，价值投资逐渐成为市场主流投资策略，投资者开始把更多的关注投向上市公司所处行业的发展状况、公司本身的经营行为和业绩表现。在此背景下，医药流通行业由于关系到民生问题日益受到投资者的重视，如何衡量医药流通类上市公司的投资价值、回避投资风险，是机构投资者和中小投资者共同面临的问题。本文用基本面分析法对我国证券市场中医药流通类上市公司的投资价值进行了分析研究。文章首先从宏观环境和行业及竞争情况入手，对医药流通行业所处的外部环境进行分析，然后针对现行财务评价指标存在的不足，引入新的指标，构建适合医药流通企业价值评估的指标体系，接着用该指标体系对我国证券市场中八家从事医药流通业务的上市公司进行了投资价值分析，得出的结论是国药股份、上海医药和华东医药具备较高投资价值。为了验证重构后的指标体系在分析医药流通类上市公司投资价值时是否具有有效性，本文对这八家上市公司股票的市场表现和用两种指标体系评价得出的结果作相关性比较，结果显示，重构后的指标体系具有一定的实用性。从而为投资者有效衡量医药流通类企业价值提供了一种参考模式。