随着第二代测序技术(NGS)的发展,越来越多的软件工具通过分析小分子RNA的高通量测序数据来发掘microRNA (miRNA),从而研究miRNA的表达、分布及功能。但是,现在还缺少针对植物小分子RNA分析软件性能的评估。植物DNA在不断复制加倍过程中,发生损伤。目前,动物miRNA在DNA损伤反应(DDR)中的作用机制已有详尽的研究,而植物miRNA这方面的研究却不是很多。所以,我们分别用模拟和实验两类数据评估了5个植物小分子RNA分析软件的敏感性、假阳性率(FPR)和准确率,发现软件所选用的匹配方式决定了软件的分析效率,不同的研究需求要选用不同的软件。而能以高敏感性、低假阳性率和高准确率分析已知的miRNA和发掘新的miRNA的软件工具还需要开发。在这五个软件中,miRNAkey既有很高的敏感性和很低的假阳性率,又有最高的准确率。我们用miRNAkey分析了一组双链断裂修复下的小RNA测序数据,得到了5个在DDR中有相关作用的miRNA,并预测了30个靶基因。通过分析这些预测靶基因的生物学功能和参与的生理过程,对植物miRNA在DDR中的作用提出了假设和分析。其中,miR399a可能调控了双链断裂修复过程中组蛋白H2A的泛素化修饰,miR852可能参与调控了细胞周期。其它3个miRNA所参与的过程还需要进一步研究。