南海深海原位富集真菌多样性分析与菌种资源获取

来源 :自然资源部第三海洋研究所 | 被引量 : 2次 | 上传用户:arsenallei
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原位富集培养是将培养仓中装有富集底物的设备投放到深海中预定的地点进行一段时间的运行后回收装置,研究底物附着和富集微生物的一种方法,主要针对深海微生物展开研究。本文利用深海沉积物原位定植培养系统以石油烃和多种大分子天然有机物(鱼肉、脂肪、几丁质、纤维素、海藻)为底物在南海北部海盆原位富集13个月,对回收的沉积物和水体样品进行真菌的分离、鉴定及多样性分析。回收的13个样品分别进了-20℃、4℃储存样品的ITS rDNA高通测序并利用4℃储存样品进行可培养真菌的分离筛选。13个样品分为对照组、石油烃沉积物富集组、石油烃水体富集组和大分子天然有机物水体富集组四组。南海实验站深海水体(对照组)-20℃储存1个样品,ITS rDNA高通量测序共获得50422条序列,聚类成334个可操作单元(Operational Taxonomic Units,OTU),归为67个属,优势类群是未分类的真菌门类(unclassified_k__Fungi);4℃储存样品,ITS rDNA高通量测序共获得71157条序列,聚类成648个OTUs,归为118个属,门水平的优势类群是子囊菌门(Ascomycota),优势属是未分类的真菌类群(unclassified_k__Fungi);可培养方法分离到一株篮状菌属菌株,是-20℃、4℃样品高通量测序属水平的优势类群,但不是优势OTU。6个石油烃沉积物富集-20℃储存样品,ITS rDNA高通量测序共获得289400条reads,聚类为197个OTU,归为84个属,子囊菌门(Ascomycota)是优势类群,主要菌是枝孢属(Cladosporium);4℃储存样品,ITS rDNA高通量测序共获得334763条reads,聚类为1237个OTU,归为186个属,优势类群是子囊菌门(Ascomycota),优势属是未分类的真菌类群(unclassified_k__Fungi);可培养方法分离到17株真菌,12株属于子囊菌门,5株属于担子菌门,四株编号为Soil03-F2、Soil36-B4、Soil36-F3、Soil69-F6的菌株在4℃样品高通量测序里找到匹配OTU,其中匹配到的OTU131、OTU234是优势OTU。1个石油烃水体富集-20℃储存样品,ITS rDNA高通量测序共获得13624条reads,聚类为25个OTU,归为18个属,子囊菌门(Ascomycota)是优势类群,其次是担子菌门(Basidiomycota),属水平的优势类群是赤霉菌属(Gibberella),其次是Sistotrema、Phialemoniopsis和未鉴定出的unclassified_f__Davidiellaceae;4℃储存样品,ITS rDNA高通量测序共获得68882条reads,聚类为76个OTU,归为45个属,子囊菌门(Ascomycota)是优势类群,优势属是链格孢属(Alternaria);可培养方法分离到一株季也蒙毕赤酵母,且在4℃样品高通量测序里找到匹配OTU。石油烃为底物富集的菌群中,枝顶孢属(Acremonium)、曲霉属(Aspergillus)、白僵菌属(Beauveria)、芽枝霉属(Cladosporium)、镰孢属(Fusarium)、被孢霉属(Mortierella)、青霉属(Penicillium)、黄孢原毛平革菌(Phanerochaete)、Stachybotrys、篮状菌属(Talaromyces)、木霉属(Trichoderma)被报道具有石油降解功能;Alternaria被报道具有潜在的石油降解功能,Paraconiothyrium被报道能够产生漆酶,具有能够去除石油工业废水毒性的作用。大分子天然有机物水体富集样品中,以动物脂肪为底物富集的真菌类群物种丰富度最高,其次是以鱼肉、纤维素、几丁质、海藻,真菌类群多样性最高的仍是以动物脂肪为底物水体富集的样品,其次是几丁质、纤维素、鱼肉、海藻为底物富集的样品;除Wfat外,其他样品的优势类群都是子囊菌门(Ascomycota)。-20℃储存样品丰度大于5%的属是Candida和未鉴定出的unclassified_k__Fungi、unclassified_p_Ascomycota;4℃储存样品丰度大于5%的属是Candida、Penicillium和未鉴定出的unclassified_k__Fungi。用可培养方法分离到11株真菌,10株属于子囊菌门,1株属于担子菌门,五株菌在4℃样品高通量测序里找到匹配OTU,其中OTU1532、OTU1622是优势OTU。所有样品的优势类群都是子囊菌门(Ascomycota),科水平生态位最宽的物种是发菌科(Trichocomaceae),在所有样品都有检测到。本研究运用免培养法和可培养法对南海北部海盆原位富集的13个水体和沉积物样品进行深海真菌的多样性分析,有助于了解南海原的位富集环境真菌群落组成结构、加深对南海原位环境真菌资源的认识以及深海原位环境下的真菌对不同底物的响应情况,挖掘具有特殊功能的深海真菌。
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