农产品物流作为农产品流通的重要职能,在连结农产品生产与市场销售过程中起着纽带的作用。农产品物流组织发展滞后一方面影响农产物流效率的提升,另一方面影响着农户经济收入的增长和农业经济的发展。本文以交易费用理论、产业组织理论、博弈理论等相关理论为基础,运用规范分析与实证分析相结合、定量分析与定性分析相结合、文献研究以及调查统计分析等方法,对归纳总结的四种主要组织模式—农户自营物流组织模式、中介组织主导型物流组织模式和农产品加工企业主导型物流组织模式以及第三方物流企业主导型组织模式进行了深入分析,通过分析各种模式的运作机制、物流通道建设及其效率以及对当前四种主要模式的绩效水平评价,找出当前各种物流组织模式存在的一些问题,为下文对各种昌吉州农产品物流组织模式的优化目标的确定提供依据,在确定的优化的目标的基础上对昌吉州各种农产品物流组织模式进行优化设计,最后文章对各种农产品物流组织的优化模式的发展构筑支撑体系。研究结果表明：①昌吉州农产品物流组织模式主要有农户主导型农产品物流组织模式、中介组织主导型物流组织模式、农产品加工企业主导型物流组织模式以及第三方物流企业主导型物流组织模式四种模式；②昌吉州农产品物流组织模式绩效水平不平衡,第三方物流企业主导型和农产品加工企业主导型物流组织模式的绩效水平明显高于中介组织主导型物流组织模式；③通过计量经济模型计算发现昌吉州各个农产品加工行业绩效水平不同,棉花产业、奶制品加工、油脂加工及粮食加工产业已经取得较高的物流绩效水平；④当前农产品物流组织模式的优化设计重点应该以设计较为完善的利益联结机制、配备完善的物流技术设施水平以及物流信息化共享机制为优化目标；⑤昌吉州农产品物流组织优化模式的发展应该在昌吉州农产品物流发展的宏观环境、政府宏观调控职能建设以及微观物流组织主体发展三个方面提供政策和建议。