产量、品质是大豆育种中的重要目标性状,并且都是数量性状,其遗传受环境影响较大。本研究选择了源自全国不同生态类型的204份大豆代表性地方品种、采用2年2个小生态环境的田间试验设计,在与先前研究结果反复比较的基础上,进一步探究了产量(以单株粒重为指标)、蛋白含量、油脂含量与单株荚数、单株粒数、百粒重、花期、熟期性状之间的相关程度。随后,从大豆基因组中筛选了135个SSR标记,分析了材料的群体结构,结合上述各个性状的表型数据,进行了标记与性状的关联分析,旨在发掘2年2个小生态环境下与产量、蛋白含量、油脂含量相关且能被重复关联到的位点。主要结果如下：1.大豆单株粒重、蛋白含量、油脂含量与5个农艺性状的相关分析结果表明：单株粒重与单株荚数、单株粒数、百粒重、花期、熟期性状均呈显著或极显著的正相关；蛋白含量与单株粒重、百粒重呈负相关,油脂含量与单株粒重、百粒重却呈显著或极显著的正相关,蛋白含量与油脂含量存在极显著的负相关,两者与单株荚数、单株粒数相关性均不明显,与花期负相关,蛋白含量与熟期负相关,而油脂含量与熟期却是正相关的关系。2.SSR等位变异丰富,总计有2544个等位变异,各位点等位变异的数目2～43个,平均等位变异数为19个；各位点多态性信息量变化幅度0.095～0.968,平均多态性信息含量为0.828。本研究所采用的204份材料来自全国不同省份不同地理区域,材料来源广、地理差异大,由此积累的材料间变异是SSR标记变异如此丰富的主要原因。3.标记位点间的LD分布结果表明：在大豆公共图谱上,不论是共线性SSR位点组合,还是非共线性的SSR位点组合之间,都有一定程度的LD存在,但是在统计概率P<0.01时,发生连锁不平衡的位点组合比例就大大减少了。4.2009年网室、大田2个小生态环境下,百粒重、花期和熟期都能被关联到的位点个数分别为6个、6个、7个,其中多个位点同时与不同性状关联。本研究所有关联到的位点中,只有位于N连锁群上的satt387位点在2年份、2个小生态环境下被重复地被关联到,是与油脂含量相关的位点,其表型变异解释率依次为0.139、0.151和0.169,此位点跟陈庆山等(2007)检测到的2个油脂含量QTL在公共图谱上相距较近,初步推测此位点是与油脂含量相关且稳定性较高的位点,还有待于后续工作的验证。