小麦叶色突变体转录组学分析与基因定位研究

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小麦是世界重要的粮食作物之一,有三分之一以上的人口都以此为主食。叶色突变体是一类性状明显的突变类型,它们是研究叶绿体分化与发育、叶绿素生物合成以及光合作用等机制的理想材料,在农业生产中也具有潜在的应用价值。本研究以空间环境诱变产生的小麦叶色突变体Mt6172自交后代(mtg、mts、mta)及其野生型H6172(WT)为材料,分别进行了叶绿体超微结构观察、叶绿体基因组重测序、表型鉴定与统计、混池转录组测序等研究,通过遗传特性分析与关联分析KASP标记开发,初步定位了白化突变候选基因区段。  本研究主要内容包括:⑴叶绿体超微结构观察,与野生型WT比较,突变体绿苗mtg叶片中叶绿体的结构与数目均无差异;条纹苗mts叶片中叶绿体存在两种类型,绿色部分与mtg一致,白色部分与白化苗mta相同叶绿体数目显著减少,体积膨大内部结构畸变。⑵叶绿体基因组重测序与分析,4份小麦材料总共获得187个SNP和10个Indel变异,这些变异多发生在基因间区,其次为外显子区;叶绿体基因组初步组装结果WT为134517 bp,mtg为134530 bp,mts为134523 bp,mta为134513 bp;DOGMA功能注释所有的叶绿体基因种类完全一致,但与WT比较,3个叶色突变体材料中多一个参与光合作用途径Ⅱ的psbK基因拷贝,mta与WT、mtg、mts三者相比少一个参与能量代谢的atpA基因拷贝。⑶转录组学分析主要包括4种组合mtg/WT、mts/WT、mta/WT与mta/mtg,这4份分别得到1711、2440、6191、6560个差异表达基因,并且与WT比较,叶色突变体材料中下调基因数目均高于上调基因数;其中,参与叶绿体分化与发育、叶绿素生物合成和光合作用途径的差异表达基因,在白化苗mta中大部分都为低表达,与实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证结果一致。⑷突变体自交后代mtg、mts、mta表型分离比符合1:5:4(绿苗:条纹苗:白化苗为326:1716:1306,χ2<χ20.05=5.99,P>0.05),白化突变性状主要受两对隐性核基因控制;小麦叶色突变体BSR-Seq白化突变基因定位研究结果,WT与叶色突变体之间的SNP差异主要集中在5BL染色体5.53 Mb区段内,而mtg与mta关联分析SNP主要分布在4AS上,通过开发与白化突变基因紧密连锁的 KASP标记,最终确定候选基因目标区域约为3.57Mb。
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