茄子种质资源遗传多样性的RAPD和SSR分析

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茄子(Solanum melongena)起源于亚洲南部热带地区,古印度为其最早的驯化地,中国栽培茄子的历史也很悠久,是茄子的第二起源地,拥有丰富的茄子种质资源。对茄子种质资源分类和进行遗传多样性的研究,有利于茄子种质资源的收集、保存、鉴定、创新和合理利用。近年来分子标记在植物分类和遗传多样性方面的研究中得到了广泛的应用。本文采用经济、多态性检测水平高的RAPD和SSR两种标记方法并结合形态学性状,对不同来源的88份茄子种质进行遗传多样性的检测和聚类分析,主要结果如下:1.从120条RAPD引物中共筛选出有效的18条引物对88份茄子种质进行扩增,共检测出187个等位基因位点,其中157个为多态位点,多态位点比率为83.95%。每引物平均检测出10.5个,POPGENE结果分析表明,平均Shannon指数为0.4522、平均Nei’s基因多样性H为0.3029、每位点平均有效等位基因数NE为1.5269。2.基于RAPD扩增产物,用NTSYS计算得出的88份茄子种质间的相似系数变化范围为0.02~0.95,其中呼茄5号与黑元帅间的相似系数最小为0.02,绿罐茄F1与济南长茄七号间的相似系数最大为0.95。用UPGMA法生成的亲缘关系系统聚类图可知:88份茄子种质在相似系数0.58处被分为5个类群,其中第四类包含的种质最少仅1份,即茄子的近缘种托鲁巴姆(S. torvum),第五类包含的种质数最多有75份,其余种质分属在其它3个类群当中;在相似系数0.70处第五大类被进一步划分成3个亚类群,第一亚类群1份种质,茄子的近缘种赤茄(S. integrifolium),第二亚类群42份种质,为栽培长茄类,第三亚类群32份种质,为栽培圆茄类。RAPD对88份茄子种质的分类结果显示:(一)茄子的近缘种S. torvum与栽培种S. melongena以类群区分,而S. integrifolium与S. melongena以亚类群区分;(二)在亚类群划分水平上,RAPD分类结果与传统的果形分类相符。3.23对茄子的SSR引物中19对具有多态性,19对多态性的SSR引物扩增条带数范围为2~4条,共检测到75个等位基因,每位点检测的等位基因数为2~6个,平均为3.4个。其中EM128和EM155检测到的等位基因数最多为6。POPGENE结果分析表明,每位点平均多态信息含量PIC范围为0.12~0.80,平均为0.41;每位点有效等位基因NE范围为1.1307~5.3101,平均为2.0151;Nei’s基因多样性H的范围为0.1156~0.8005,平均为0.4049;Shannon指数的范围为0.2617~1.6958,平均为0.7443。4.基于SSR扩增产物,用NTSYS计算得出的88份茄子种质间的相似系数变化范围为0.09~0.96,其中精品快园和托鲁巴木S. torvum间的相似系数最小为0.09,ETC3-02和ETC3-01间的相似系数最大为0.96。用UPGMA法生成亲缘关系系统聚类图可知, 88份茄子种质在相似系数0.60处被分为4个类群,第一类1份种质,茄子的近缘种S. torvum,第二类2份种质,第三类3份种质,第四类82份种质;在相似系数0.65处第四类被进一步划分成4个亚类群,第一亚类1份种质,茄子的的近缘种S. integrifolium,第二亚类2份种质,分别是在形态性状上有较大差异的龙兴绿桥和黑元帅,第三亚类8份种质,第四亚类的构成复杂包含71份种质。聚类结果表明, SSR对茄子近缘种S.torvum和S.melongena的分类与RAPD一致,但对茄子栽培种的分类与传统的果形分类不一致,与种质来源也没有相关性。5.RAPD和SSR对88份茄子种质基因组的检测,均获得了较高的多态性,显示出参试种质丰富的遗传多样性。两种方法对88份茄子种质的分类结果表明S. torvum和S. melongena的分类地位一致,部分种质的分类结果一致,表明两种标记方法都可用于茄子种质的亲缘关系分析。
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