本研究采用改进的高盐低pH法和CTAB法分离火炬松叶绿体及其DNA，获得完整的叶绿体和纯度较高的叶绿体DNA(chloroplastDNA，cpDNA)；将此高纯度DNA通过Solexa高通量测序法原理进行测序，并对所得叶绿体DNA序列进行分析，整理，序列比对和基因功能注释等。利用叶绿体基因组进化中高度保守的特点，设计引物，从火炬松叶绿体基因组中扩增ycf1基因，检测8个亲本间的遗传多样性。主要研究结果如下：　　(1)利用高盐低pH值法提取火炬松8个样品的cpDNA，所得cpDNA的平均浓度为846.7ng/ul，体积各200ul，OD260/280平均值为1.891，OD260/230平均值为1.787。　　(2)通过Solexa高通量测序法原理对202样品的cpDNA进行测序，所得基因组长度为121，531bp，GC比例为38.5％。与公共数据库NCBI中发布的火炬松cpDNA序列(基因组长度为12，048bp。GC比例为37.9％，缺口gap数78个，长度为1615bp)相比，测序结果序列完整度更高。　　(3)本研究测得火炬松cpDNA基因共121个，其中包括4个外显子和7个内含子。余下的110个基因按其功能可分为16类，按这些基因编码的产物的多少可分为：tRNA-氨基酸即转移核糖核酸(34个)、光体系蛋白(26个)、核糖体蛋白(21)、ATP合成酶相关亚基(7个)、细胞色素类(6个)、rRNA即核糖体核糖核酸(4个)、核糖核酸酶(4个)、假设的叶绿体蛋白(2个)、翻译起始因子1(1)、核酮糖，核酮糖二磷酸羧化酶(1个)、原叶绿素酸酯还原酶亚单位B(1)、成熟酶K(1)、膜蛋白(1)和乙酰辅酶A羧化酶β亚基(1)。　　(4)从公共数据库NCBI中获得100条相似cpDNA序列，即与火炬松具有同源性的松树。其中有11种松树cpDNA的序列比对覆盖度为99％，49种松树cpDNA的序列比对覆盖度在90％-99％，28种松树cpDNA的序列比对覆盖度在80％-89％，11种松树cpDNA的序列比对覆盖度在60％-79％，还有1种松树cpDNA的序列比对覆盖度为32％。　　(5)利用Primer5.0和Olig06.0进行引物设计与评估，从火炬松8个样品的叶绿体基因组中扩增ycf1基因，将8个PCR产物进行测序，序列比对，以此检测8个亲本的亲缘关系，结果表明：与202相比，2号样品有3个gap；3号样品有2个gap和一个碱基突变位点；4号样品无gap，但有3个碱基突变位点；5号样品有3个gap和1个碱基突变位点；6号样品有5个碱基突变位点；7号和8号样品的多态性位点一致，即分别有1个gap和2个碱基突变位点。表明ycf1基因在松树叶绿体基因中存在较大的变异性，可作为分辨种内个体多态性的依据。