“三农问题”一直是党和国家当前和今后相当长的一段时间内工作的重中之重，农民的健康保障是解决“三农问题”的基础。2003年开始试点至今，经过近十年的发展，已初步成效，在一定程度上改善了广大农民“因病致贫，因病返贫”的状况，农民大都感受到新农合制度带来的好处，但是在某些方面仍存在不足。政府是新农合的设计者和组织者，同时也是其监管者，在新农合中处于主导地位；然而，政府关于新型农村合作医疗的认识只是单一性地假设，农民医疗保障需求与大病统筹合作医疗的供给符合是否达到平衡,是否都会被需求方吸收，是否积极改善医疗机构服务状况，这些问题一直被热议；政府的医疗保障供给,假设认识过高估新农合制度设计的合理性和优越性,这对制度的供给方的初衷是一种损伤，同时对于需求方无疑更是难以接受。由于政府在新农合实施中的“错位”或“缺位”，导致农民的利益得不到有效的保障，进而影响到民众对政府的信任度，这都是理应规避的，因此不断完善和优化政府行为以及新农合道路上的路径选择。本文选取河南省固始县为例，在查阅了大量的文献资料和实地调研取得一手资料的基础上，在公共产品理论、正义理论、公共选择理论的指导下，对我国新农合制度发展层面上进行分析，并且重点对河南省固始县新农合制度运行现状与存在的制度设计、筹资机制、监管机制等方面政府行为失当的分析，针对新农合实施过程中出现的实际性问题，提出相应的对策：加大对基层医疗机构的扶持，提高其医疗服务水平；加大政府财政投入，解决资金不足问题；完善监督机制，规范定点医疗卫生机构的行为；完善大病医疗保险制度等，从而确保新型农村合作医疗制度的健康和可持续的发展。