《刘向歆父子年谱》、《两汉博士家法考》及《周官著作时代考》是钱穆在汉代经学研究领域的代表作。《年谱》主要通过考据的方法，指出康有为在其《新学伪经考》中所称的为刘歆伪撰的许多古代名物、制度、观念乃至历史传说，均可在刘歆之前的西汉人的著述中找到印证，绝非刘歆等人所伪，并且新莽的“改制”是昭、宣、元、成、哀、平以来西汉政治学术风气变化的必然结果，新莽时的很多观念和举措自有所本，均可在西汉中后期的历史中找到雏形和先例，从而有力地驳斥了康有为等人“新学伪经”的谬说。但钱穆所举的几条关于刘歆之前《左传》在西汉流传的证据存在不当处，未能完全击中康有为“歆伪《左传》”说的要害。《家法考》则考察了整个汉代博士官制度的发展流变，提出博士官制度源自战国诸侯崇儒；“王官学”与“百家言”之对立，汉武立“五经博士”乃古代“王官学”之重建，实质是“尊六艺”而非“尊儒家”；“家法”与“章句”乃晚起，是经学“利禄”化的产物；“古文”指“《诗》《书》六艺”，汉代经学内部只有“今学”与“古学”之分，而无“今文学”与“古文学”之分等观点。不过，钱穆在对“今学”与“古学”进行区分时，过分强调了是否治章句这一学风上的差异，而忽略了它们在礼制上存在的差异。《时代考》通过分析《周官》一书中的祀典、田制、刑法等制度所反映出的时代特征(尤其是书中浓重的“阴阳对偶”观念及虽已有了“五帝祀”但尚未实行“四时分祀”)，确定该书成书于战国晚期，钱穆因此开创了从“所载制度的时代特征”这一角度分析《周礼》成书时代的新方法，这一方法为杨向奎等人借鉴。但据这一方法可定《周礼》的成书上限，而难以确定其成书下限，故而后来顾颉刚和徐复观在此基础上另辟从“官制体系的设计构想”来考证《周礼》成书年代的新尝试。