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高校在国家创新体系中是科学研究的重要基地,高校已经成为重大专项核心、共性、关键技术研发的主力军之一,其核心作用日益凸显。随着国家对高等教育投入的加大,高校科研经费尤其是教育部直属高校科研经费逐年增长。因此,研究如何合理地利用现有的资源,挖掘内部潜力,提高科研质量进而提高科研绩效具有重要的理论与现实意义。科研效率是衡量科技活动绩效的核心标准,因此有必要对教育部直属高校科研投入与产出效率这一问题进行深入地研究与分析。论文分别从指标体系的概念、指标体系的构建原则以及参考文献指标体系的选取的基础上遴选出用于本研究的科研投入产出指标体系。选取64所教育部直属高校作为研究对象,在DEA有效性分析的基础上,结合超效率DEA评价方法、交叉效率评价方法以及被引用次数法对DEA有效的决策单元进行分析,并且运用基于DEA的Malmquist生产率指数方法进行跨期生产率变动研究,实现对教育部直属高校科研效率的静态与动态的全面评价。实证分析第一部分结果显示,64所教育部直属高校整体技术效率偏低,归因于我国处于计划经济体制向市场经济体制转型阶段,没有建立以资源利用效率为导向的资源配置机制和高校自身差异导致高校没能全部处于有效前沿面上;37所DEA无效的教育部直属高校存在科研人员或者科研经费的浪费或者科研资源利用效率低的情况;在区域科研效率分析结果中显示,西部偏远地区的科研效率相对于东、中部偏低。实证分析第二部分结果显示,15所DEA有效的教育部直属高校中有4所高校为离群决策单元,被排除在DEA有效决策单元之外。运用3种评价方法对11所DEA有效的教育部直属高校进行分析,3种评价方法显示结果不尽相同,综合排序结果显示北京邮电大学科研效率最高,东北林业大学与陕西师范大学科研效率偏低。实证分析的第三部分结果显示,2005-2006年64所教育部直属高校的技术变动是生产率变动的主要因素,2006-2007年技术效率变动是生产率变动的主要原因。论文的创新点有两个,第一是在考虑到科研投入产出滞后期的基础上,运用3种方法对DEA有效的决策单元进行分析,分析结果显示运用不同方法分析DEA有效的决策单元,结果不尽相同,表明DEA有效的决策单元存在伪度,仅仅运用1种评价方法分析DEA有效的决策单元是不够的,结合不同的方法对DEA有效的决策单元进行分析将使得分析更为客观全面;第二是在论文最后运用基于DEA的Malmquist指数方法对64所教育部直属高校近年(05-07年)的生产率变动进行分析,投入数据选取05-07年的人力、财力投入,产出数据为07-09年的科研成果。