【摘 要】
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多序列同步比对法是属于一类精确序列比对算法.它的完备算法对求解二维(两条序列的比对)或三维的问题非常有效,但是对于维数稍高的问题却很难应用.通过对序列比对的完备算法:
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多序列同步比对法是属于一类精确序列比对算法.它的完备算法对求解二维(两条序列的比对)或三维的问题非常有效,但是对于维数稍高的问题却很难应用.通过对序列比对的完备算法:动态规划算法和A*算法特点的分析,提出了两种改进方法:双向动态规划算法和A*完备算法的改进算法.通过理论分析,证明了它们在求序列比对的完备解时,降低了计算的复杂度.针对多序列比对问题的快速求解,提出了一种基于A*算法的启发式算法.该算法采用的多个优化搜索机制使求解多序列进行同步比对所需的计算时间有着显著地缩短.同时,它能够得到精度比较高的比对结果.另外,通过实验可以看出,此方法的求解效率不依赖于序列之间的相似程度.这在很多算法中是不容易做到的.仿射GAP模型能够不打断比对序列中的相似字符串.通过解决应用仿射GAP模型后多序列比对问题在计算过程中遇到的一些困难,使序列比对算法在应用过程中更具实用价值.
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