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目的：针对env和gag双基因片段扩增实验操作中易出现标记错误的问题,利用多重PCR技术,建立首轮同时扩增env和gag基因片段的多重RT-PCR方案,并将此方法应用于2008～2010年吉林省报告的HIV-1阳性样本亚型鉴定,比较2008～2009和2010年2个时段吉林省HIV-1不同亚型的流行特点及发展趋势。 方法：选择28份HIV阳性样本(CRF07_BC11份,B’亚型10份,CRF01_AE7份),根据已知病毒载量将样本血浆稀释成6个载量浓度(2000copies/ml～50copies/ml),提取RNA模板进行首轮env和gag基因片段的多重RT-PCR扩增,阳性率大于95％的最低载量浓度定义为敏感度。将样本稀释为1000 copies/ml,重复进行3次实验,计算kappa值以评价一致性。273份HIV阳性样本用于多重RT-PCR方法与巢式PCR方法的比较,计算两者阳性率差异有无统计学意义和测序结果的一致性。用多重RT-PCR方法对189份2008～2009年和2010年吉林省HIV新报告的样本进行扩增,测序结果进行系统进化分析,确定样本亚型。 结果：env和gag基因片段扩增敏感度分别为1000copies/ml和2000copies/ml,一致性强度分别为高度(Substantial,K=0.627)和中等(Moderate,K=0.537)。多重RT-PCR方法(env为75.5％,gag为75.8％)与巢式PCR方法(env为73.3％, gag为73.6％)的扩增阳性率无显著性差异(P>0.05),测序结果也具有较好一致性(ICC=0.998,P<0.01)。2008～2009和2010年吉林省新报告样本的亚型分析结果显示,2008～2009年样本中检出共9种亚型,2010年样中检出共6种亚型,其中的主要亚型为CRF01_AE(2008～2009年占52.4％,2010年占63.4％)。 结论：首轮env和gag片段同时扩增的多重RT-PCR方案,在检出率和序列测定质量相当的基础上,简化了操作流程并降低了检测成本,可应用于较大规模的HIV-1分子流行病学调查和研究。