乳腺癌中SOX17、ECRG4 CpG岛异常甲基化调控mRNA表达的研究

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背景与目的:乳腺癌(breast cancer, BC)是女性常见的恶性肿瘤,在我国一些发达城市,已是女性发病率第一位的恶性肿瘤,成为危害女性健康的主要疾病。乳腺癌的预后与疾病诊断早晚相关。目前乳腺癌早期诊断依然依靠乳腺彩超、乳腺X线摄影及乳腺磁共振等影像学检查,虽然CA15-3已作为筛查乳腺癌的重要肿瘤标志物,但其较低的敏感性常导致漏诊和误诊,因此,现仍需寻找一种新的、敏感性高、特异性强的诊断方法。DNA甲基化是一种调节基因表达的重要机制,并发现与肿瘤发生、发展有密切的联系。现研究发现,肿瘤相关基因异常甲基化水平是肿瘤发生过程中一个早期、频发事件,在肿瘤发生、发展中起重要作用。对相关特异基因甲基化模式的研究可以从新的角度解释乳腺癌发展的分子机制。已有研究表明,SOX17基因异常甲基化是肺癌发生过程中的好发事件,并且是SOX17基因表达下调的重要机制;在食管癌发生发展中通过启动子甲基化来抑制SOX17基因表达而激活Wnt信号通路;在食管癌中通过CpG岛的高甲基化来抑制ECRG4基因的表达。还有人用甲基化定性的方法来证实SOX17基因的CpG岛在乳腺癌组织发生频率高于癌旁组织。本研究利用MassArray技术平台检测36例乳腺癌组织和癌旁组织中基因SOX17、ECRG4启动子CpG岛甲基化水平;并利用荧光定量PCR检测36例乳腺癌组织和癌旁组织中SOX17、ECRG4的mRNA表达水平,以探索基因启动子CpG岛甲基化水平与mRNA表达水平的相关性。本文还探讨了基因甲基化水平与年龄、雌激素、孕激素状态及淋巴结转移状态的关系,为其异常甲基化水平的临床意义提供了初步理论依据。材料与方法:1.研究对象36例乳腺癌组织及相应癌旁组织(均从南方医院乳腺科科收集,相关临床资料亦由南方医院乳腺科提供)。2.目的基因DNA甲基化水平检测利用全基因组DNA提取试剂盒提取36例乳腺癌组织及癌旁组织基因组DNA,经亚硫酸盐处理后,应用sequenom公司MassArray (?) EpiTYPER技术平台对36例乳腺癌组织、癌旁组织中SOX17、ECRG4启动子CpG岛甲基化水平进行检测。3.目的基因mRNA表达水平检测我们采用实时荧光定量PCR(Real-time PCR)检测36例乳腺癌组织、癌旁组织中SOX17、ECRG4的mRNA表达水平。以β-actin作为内参基因较正RNA含量的变异,每份样品均进行3次重复独立实验。采用扩增倍数(2ΔΔCt)表示SOX17、ECRG4的mRNA相对表达量,扩增倍数=2(Ct对照组目的基因-Ct对照组β-actin)-(Ct处理组目的基因-Ct处理组β-actin)。4.目的基因甲基化水平和mRNA表达水平相关性分析采用Spearman检验来分析乳腺癌病例中目的基因启动子CpG岛甲基化水平与mRNA转录水平的相关性,检验采用双侧概率检验,检验水准α=0.05,利用SPSS13.0软件分析相关数据。5.分析目的基因甲基化水平在各临床指标分组中的差异采用Wilcox rank sum检验目的基因启动子CpG岛甲基化水平在乳腺癌组织与癌旁组织的差异,以及在雌激素受体阳性/阴性分组、孕激素受体阳性/阴性分组中的差异;采用Kruskal-Wallis检验目的基因启动子CpG岛甲基化水平在不同年龄分组、不同淋巴结转移状态分组中的差异。本实验统计检验均采用双侧概率检验,检验水准a=0.05,采用SPSS13.0软件分析相关数据。结果:1.1乳腺癌组织和癌旁组织中SOXl7启动子CpG岛甲基化水平及其mRNA转录水平的研究1.1.1乳腺癌组织与癌旁组织中SOX17启动子CpG岛的甲基化水平50%(18/36)癌组织的SOX17启动子CpG岛甲基化水平较癌旁组织明显升高,并且癌组织在每个CG单位的平均甲基化程度比癌旁组织高16%-28%;41.7%(15/36)癌组织的SOX17启动子CpG岛甲基化程度与癌旁组织无明显区别;8.3%(3/36)癌组织的SOX17启动子CpG岛甲基化水平低于癌旁组织。1.1.2乳腺癌组织与癌旁组织SOXl7mRNA的转录水平69.4%(25/36)乳腺癌组织的SOX17mRNA表达水平较癌旁组织降低;8.3%(3/36)癌组织的SOX17mRNA表达水平与癌旁组织无明显区别;22.2%(8/36)癌组织的SOX17mRNA表达水平高于癌旁组织。1.1.3SOXl7启动子CpG岛甲基化水平与其mRNA转录水平的关联分析25例临床样本(癌组织的SOX17mRNA表达水平低于癌旁组织)中,18(18/25)例样本癌组织的SOX17启动子CpG岛甲基化水平较癌旁组织明显升高,并且其mRNA表达水平与其CpG岛甲基化水平呈负相关(rs=-0.446,P=0.025);7(7/25)例癌组织的甲基化水平与癌旁组织无明显区别。8例临床样本(癌组织的SOX17mRNA表达水平高于癌旁组织)中,5例癌组织的甲基化水平与癌旁组织无明显区别;3例癌组织甲基化水平低于癌旁组织。3例癌组织中SOX17的mRNA表达水平及甲基化水平与癌旁组织无区别。1.2SOX17启动子CpG岛甲基化水平在不同临床资料分组中的分析SOX17启动子CpG岛甲基化水平在>40岁≤60岁组高于≤40岁组和>60岁组,其中4个CG单位达到统计学差异;在雌激素受体阳性/阴性分组及孕激素受体阳性/阴性分组中无统计学差异;在淋巴结转移不同状态分组中无统计学差异;2.1乳腺癌组织和癌旁组织中ECRG4启动子CpG岛甲基化水平及其mRNA转录水平的研究2.1.1乳腺癌组织与癌旁组织中ECRG4启动子CpG岛的甲基化水平55.6%(20/36)癌组织的ECRG4启动子CpG岛甲基化水平较癌旁组织明显升高,并且癌组织在8个单位中的平均甲基化水平比癌旁组织高5%-44%;19.4%(7/36)癌组织的ECRG4启动子CpG岛甲基化水平与癌旁组织无明显区别;25%(9/36)癌组织的ECRG4启动子CpG岛甲基化水平低于癌旁组织。2.1.2乳腺癌组织与癌旁组织ECRG4mRNA的转录水平66.4%(25/36)乳腺癌组织的ECRG4mRNA表达水平较癌旁组织降低;16.7%(6/36)癌组织的ECRG4mRNA表达水平与癌旁组织无明显区别;13.9%(5/36)癌组织的ECRG4mRNA表达水平高于癌旁组织。2.1.3ECRG4启动子CpG岛甲基化水平与其mRNA转录水平的关联分析25例临床样本(癌组织的ECRG4mRNA表达水平低于癌旁组织)中,14(14/25)例癌组织的ECRG4启动子CpG岛甲基化水平较癌旁组织明显升高,并且mRNA表达水平与CpG岛甲基化水平呈负相关(rs=-0.642,P=0.013);5(5/25)例癌组织的甲基化水平与癌旁组织无明显区别;6(6/25)例癌组织的甲基化水平低于癌旁组织。5例临床样本(癌组织的ECRG4mRNA表达水平高于癌旁组织)中,2例癌组织的甲基化水平与癌旁组织无明显区别;3例癌组织的甲基化水平比癌旁组织高。6例癌组织ECRG4的mRNA表达水平与癌旁组织无明显区别中,3例癌组织甲基化水平高于癌旁组织;3例癌组织甲基化水平低于癌旁组织。2.2ECRG4启动子CpG岛甲基化水平在不同临床资料分组中的分析ECRG4启动子CpG岛甲基化水平不同年龄分组中无统计学差异;36例乳腺癌组织ECRG4启动子CpG岛甲基化水平在ER-组高于ER+组,其中ECRG4CpG5.6、ECRG4CpG10、ECRG4CpG11单位甲基化水平在ER-组中显著高于ER+组(P=0.012; P=0.046; P=0.001); ECRG4启动子CpG岛甲基化水平在PR-组高于PR+组,其中ECRG4CpG5.6、ECRG4CpG9、 ECRG4CpG11单位甲基化水平在PR-组中显著高于PR+组(P=0.012;P=0.049;P=0.020);在淋巴结转移不同状态分组中无统计学差异;结论:1.36例乳腺癌病例中,18例癌组织的SOXl7启动子CpG岛甲基化水平高于癌旁组织。这18例癌组织的mRNA表达水平低于癌旁组织,并且其甲基化水平与mRNA表达水平存在负相关(rs=-0.446,P=0.025)。以上结果表明SOX17可能通过改变该基因启动子CpG岛甲基化状态影响mRNA的表达。2.36例乳腺癌病例中,20例癌组织的ECRG4启动子CpG岛甲基化水平高于癌旁组织。其中14例癌组织的mRNA表达水平低于癌旁组织,并且其甲基化水平与mRNA表达水平存在负相关(rs=-0.642, P=0.013); ECRG4启动子CpG岛局部CG单位的甲基化水平升高与ER-、PR-存在相关性。以上结果表明DNA甲基化可能是ECRG4在乳腺癌发生发展过程中的一种重要的转录调控机制。3.本实验研究结果发现,基因SOX17、ECRG4启动子CpG岛的高甲基化状态与该两个基因相对应的mRNA转录水平下调相关,可能在乳腺癌的发生过程中起重要作用,同时该两个基因异常甲基化是乳腺癌发生、发展过程中早期事件。此外本研究发现基因ECRG4启动子CpG岛高甲基化水平与雌激素受体和孕激素受体阴性表达相关。本实验结果有望使SOX17、ECRG4两个基因的甲基化水平成为检测乳腺癌的新的特异性指标,并更可能成为治疗乳腺癌的特异性潜在生物靶点。通过检测发现SOX17、ECRG4启动子CpG岛甲基化状态可能是乳腺癌中调控转录的重要机制,但仍需在细胞株中进一步验证。背景:乳腺癌已成为中国女性恶性肿瘤发病率第一的疾病,但是在同样的生活条件下,不同的人患乳腺癌的概率存在差异,这提示我们不同人的遗传易感性不同。目前,单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNP)已成为检测人群肿瘤易感性的重要方法。本研究探讨TRIM31(tripartite motif containing31)基因rs1116221位点单核苷酸多态性与广东汉族女性乳腺癌易感性的关系。方法:利用MassARRAY(?)-IPLEX SNP分型技术,对南方医科大学南方医院的216例广东汉族乳腺癌患者及216例同期健康体检者TRIM31基因的多态性位点rs1116221进行基因分型,采用χ2检验方法统计分析病例组与对照组的基因型分布频率的差异,采用非条件Logistic回归计算比数比(odds ratio, OR)和95%可信区间(confidence interval, CI)对该位点多态性与乳腺癌易感性的相关性进行评价。在此基础上,在病例组中根据临床雌激素受体(estrogen receptor, ER)和孕激素受体(progesterone receptor, PR)的免疫组化结果进一步分层分析。结果:位点rs1116221在广东汉族女性中存在CC、CT、TT3种多态性,病例-对照分析显示,该位点基因型分布频率在两组中无统计学差异(P>0.05);进一步分层分析发现,该位点的基因型分布在ER阳性/阴性(+/-)分组中存在差异,且具有统计学意义(P=0.034),携带杂合基因型CT的个体更倾向于ER(+)乳腺癌(OR=2.67,95%CI:1.02~7.02);而在PR阳性/阴性(+/-)分组中无统计学差异。结论:基因TRIM31的rs1116221位点多态性与乳腺癌患病风险之间无明显相关性,但该位点的杂合基因型与乳腺癌ER阳性(+)明显相关。
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