国际商事仲裁协议的法律适用是仲裁中一个传统且基本的理论问题，基于仲裁协议法律适用在国际商事仲裁中的重要性，我们已经有了很多研究成果。但同国际商事仲裁法律适用三大问题中的另两项问题，程序法的适用和实体法的适用相比，还不够深入明晰。仲裁协议法律适用是依据具体的实体法的规定来确定协议有效性的过程，是所有程序和内容的开端。不解决法律适用问题，仲裁协议是否存在、有效、解除、程序、作出裁决有效性及执行一系列问题都无正当的法律规则参照。本文拟从对国际商事仲裁协议的法律适用问题的定性进行理论分析入手，通过分析仲裁协议法律效力的来源，确定意思自治原则在国际商事仲裁协议法律适用中的主导地位。明晰当事人可以单独选择仲裁协议应适用的准据法。但意思自治原则受到强行法的限制，这种强行法的限制并非指主合同应适用的强行性规定，而是其自身的强行法。作为一种特殊的实体性契约的仲裁协议，有着自身应适用的准据法。其本身性质的特殊性决定了法律适用的特殊性。因此不仅要将国际商事仲裁协议的法律适用与仲裁程序以及仲裁实体法的适用进行区分，还与涉外合同的法律适用进行区分。涉外合同不等同于仲裁实体法的法律适用。仲裁协议的准据法有可能与主合同的准据法不同，二者并不是一一对应的关系。而在仲裁协议准据法的适用范围的这个问题上，因其本质上仍是一种实体性契约，与其他涉外民商事合同并无本质区别。应依涉外合同法律适用上“分割论”的方法，将国际商事仲裁协议不同方面分别适用恰当的法律规则。在文章的最后，结合相关案例对目前我国仲裁制度下仲裁协议适用的立法与实践进行了评述。期望尽绵薄之力。